小学生のフリースクールおすすめ一覧｜費用・選び方・低学年・出席扱いを比較

2026年8月16日

「学校に行きたくない」と小さな体でうずくまるわが子を前に、どうしてあげればいいのか分からず、夜中にスマホで検索を繰り返している——。もしあなたが今そんな状況にいるなら、まず伝えたいことがあります。それは、あなたの育て方のせいでも、お子さんが弱いからでもありません。

いま、小学生の不登校は決して珍しいことではなくなりました。この記事では、小学生が通えるフリースクールの種類や費用、低学年のお子さんでも安心して選ぶためのチェックポイント、出席扱いの条件、そして「家からなかなか出られない時期」の選択肢までを、保護者の目線でていねいに整理します。読み終えるころには、次の一歩の輪郭がきっと見えてきます。

1. 結論（早見表）：まず押さえておきたいこと

忙しい保護者の方のために、この記事の要点を先にまとめます。

気になること	早わかりの答え
小学生の不登校は多い？	令和6年度で小学校は約13.8万人。10年前より大きく増加しています
フリースクールの費用は？	月謝は平均約3.3万円、入会金は平均約5.3万円が目安（文科省調査）
低学年でも通える？	通えます。ただし対象年齢・送迎・親子分離不安への配慮が重要
出席扱いになる？	学校長の判断で可能。文科省の要件を満たすことが前提
公的な相談先は？	教育支援センター、スクールカウンセラー（SC）、スクールソーシャルワーカー（SSW）
家から出られない時期は？	オンライン・メタバースのフリースクールという選択肢があります

大切なのは「学校に戻すこと」を唯一のゴールにしないこと。 お子さんが安心できる居場所を確保し、少しずつ自信とつながりを取り戻していく——その視点で選択肢を見ていきましょう。

なお、フリースクール全般の基礎知識をもっと知りたい方は、フリースクールとは？種類・費用・選び方の基本もあわせてご覧ください。

2. 小学生のフリースクールとは？主な種類

フリースクールとは、さまざまな理由で学校に通いづらい子どもたちが、学校以外で過ごせる民間の居場所・学びの場です。法律で定められた「学校」ではないため、運営方針も活動内容も施設ごとに大きく異なります。だからこそ、お子さんに合う場所を見極める目が大切になります。

小学生が利用できるフリースクールは、おおまかに次のタイプに分けられます。

居場所（フリースペース）型：勉強よりも「安心して過ごすこと」を重視。ゲーム・工作・おしゃべりなど、子どもの「やりたい」を尊重します。
学習支援型：教科学習のサポートに力を入れるタイプ。学校復帰や進学を見据えた子に向いています。
体験・自然活動型：農作業・アウトドア・ものづくりなど、体験を通じて学ぶタイプ。
オンライン型：自宅からパソコンやタブレットで参加するタイプ。近年、メタバースを活用した居場所も広がっています。

通学型は全国のフリースクールの約9割を占めるといわれますが、後述するように「家からまだ出られない」時期には、オンライン型が現実的な入り口になることも少なくありません。

小学生がフリースクールに通うメリットは、同じような経験をした仲間や大人と出会えること、自分のペースで学びや体験を積み重ねられること、そして「学校がすべてではない」と実感できることです。一方で、民間運営のため費用負担が発生する点、施設ごとに質の差がある点には注意が必要です。

3. 低学年でも通える？選び方チェックリスト

「まだ小学1年生。フリースクールなんて早いのでは？」と迷う方は多いです。結論からいえば、低学年でも通えるフリースクールはあります。 ただし、低学年ならではの配慮が欠かせません。

低学年の不登校の特徴

小学1〜2年生の不登校では、学校生活そのものにまだ慣れないことや、親と離れることへの不安（親子分離不安・母子分離不安）が背景にあることが多いといわれます。この不安は「大丈夫だよ」と言葉で説明しても簡単には消えません。子どもの心に「一人でも平気」という安心感がゆっくり育つのを、周囲が支えていく必要があります。

また、低学年は生活リズムを自分で整える力がまだ十分に育っていないため、家庭環境の影響を受けやすい時期でもあります。焦らず、まずは生活の土台と安心感を整えることが第一歩です。

選び方チェックリスト

低学年のお子さんのフリースクールを検討するときは、次の点を確認しましょう。

対象年齢に入っているか：低学年を受け入れていない施設も多いため、必ず確認を。
送迎の負担は現実的か：通える距離か、送迎を誰がどう担うか。保護者の生活も含めて考える。
本人の負担が大きすぎないか：毎日でなく週1〜2回から、短時間からなど、無理のないペースで始められるか。
親子分離不安への配慮があるか：最初は保護者が付き添える、慣れるまで段階的に離れられるなど、柔軟に対応してくれるか。
スタッフの人柄・関わり方：見学時に、お子さんがスタッフに安心できそうか。
お子さん自身が「行ってみたい」と思えるか：親の希望だけで決めず、本人の気持ちを最優先に。

見学と体験は必ずセットで。 パンフレットやサイトでは分からない空気感を、親子で確かめてから決めましょう。「合わなければやめてもいい」というくらいの気持ちで、気楽に第一歩を踏み出して大丈夫です。

4. 費用の目安と補助制度（出典付き）

フリースクールは民間運営のため、費用は保護者にとって大きな関心事です。文部科学省の調査などをもとに、目安を整理します。

費用の相場

月謝（月会費）：平均約3万3千円。1万円超〜5万円以下の施設が多数を占めます（文科省調査）。
入会金：平均約5万3千円。1万〜3万円の施設がもっとも多いとされます。
オンライン型：月会費2.5万円前後、入会金2万円前後が目安と紹介されています。
年間総額：通学型では30万〜70万円程度を想定しておくと現実に近い、とする解説もあります。

出典：フリースクールの費用は高い？月謝相場と補助金制度（文科省調査を含む）

補助・助成制度

フリースクールの利用料に対する補助は、まだ全国一律ではありませんが、自治体独自の制度が広がりつつあります。

東京都：フリースクール等に通う不登校の小・中学生の保護者に、利用料の月額2万円を上限として助成する事業を実施しています（入会金・施設維持費・教材費などは対象外、要申請）。
区市町村レベル：東京都荒川区は月額最大2万円、北区・葛飾区は月額最大1万円を助成。名古屋市は利用料の1/4（上限月1.1万円）の助成を2026年4月開始予定と報じられています。
交通費：一部自治体では通所交通費の補助を行うところもあります。

出典：東京都フリースクール等利用者等支援事業（助成金）

制度は年度ごとに新設・拡充されているため、お住まいの自治体の教育委員会・子ども政策部署の最新情報を必ず確認してください。「フリースクール補助金 ◯◯市」で検索するのが早道です。

5. 出席扱いになる条件

「フリースクールに通った日は、学校の出席にカウントされるの？」——多くの保護者が気にする点です。

結論として、校長の判断により出席扱いとすることができます。 これは文部科学省の通知にもとづく制度で、民間フリースクールや自治体の教育支援センターに通う場合、また自宅でICTを活用した学習を行う場合が対象になり得ます。

文科省が示す主な要件（ICT等を活用した在宅学習の場合）

1. 保護者と学校の間に十分な連携・協力関係があること 2. ICT等を活用した学習プログラムであること 3. 学校の教員による訪問などの対面指導が適切に行われること 4. 児童生徒の学力に応じた計画的な学習プログラムであること 5. 校長が学習活動の状況を十分に把握していること 6. 学校外の公的機関・民間施設での相談・指導を受けられない状態であること等 7. 成績に反映する場合は、学習内容が学校の教育課程に照らして適切であること

出典：不登校でも出席扱いになる制度とは？要件や申請手順を解説

申請の進め方

出席扱いを判断するのは校長です。まずは担任に「出席扱い制度を利用したい」と相談し、校長やスクールカウンセラーを交えて話し合うところから始めます。フリースクール側が学習・活動の記録（ポートフォリオ）を提供してくれると、学校との連携がスムーズになります。

すべての施設・すべてのケースで認められるわけではありません。学校との連携体制と学習内容の妥当性が鍵になる、と理解しておきましょう。

6. 家庭でできること・公的な相談窓口

フリースクールは選択肢の一つですが、その前後で家庭と公的機関ができることもたくさんあります。

家庭でできること

安心できる家庭環境をつくる：「学校に行かない＝ダメ」という空気を家庭から取り除く。
生活リズムをゆるやかに整える：低学年ほど生活の土台が心の安定につながります。
本人のペースを尊重する：無理に理由を問い詰めず、話したくなったときに聴ける関係を保つ。
「できたこと」に目を向ける：小さな一歩を一緒に喜ぶことが、自信の回復につながります。

公的な相談窓口

教育支援センター（適応指導教室）：自治体が設置する公的な施設。体験活動や学習活動を通じて社会的自立を支援します。利用料が無料または低額なのも安心材料です。
スクールカウンセラー（SC）：臨床心理士等の心の専門家。週1日程度学校を訪問し、子ども・保護者・教職員の相談に応じます。
スクールソーシャルワーカー（SSW）：家庭・学校・地域をつなぎ、環境面から支援する専門職。
教育センター・教育相談：多くの自治体に設置され、心理カウンセラーや相談員が常駐しています。

出典：教育支援センター（適応指導教室）とは？（キズキ共育塾）

「まず誰に相談すればいいか分からない」という方は、担任か、お住まいの自治体の教育相談窓口から始めるのがおすすめです。保護者が一人で抱え込まないことが、何より大切です。

さらに、学校の枠にとらわれない多様な学びの選択肢を知りたい方は、多様な学びの場としての学校・オルタナティブスクールも参考になります。

7. オンラインという選択肢——NIJINアカデミーという居場所

小学生の「登校しぶり」朝のサインと対応

🕗 気づきたい朝のサイン

お腹や頭が痛いと訴える

日曜の夜や朝に元気がなくなる

支度が急に遅くなる

🌱 おすすめの対応

まず休ませてOK・叱らない

「行けた/行けない」で評価しない

担任・SCに早めに相談

「通える距離にいいフリースクールがない」「本人がまだ家から出られない」——そんなときに現実的な選択肢になるのが、オンライン型のフリースクールです。ここでは実在するサービスの一例として、NIJINアカデミーを中立的にご紹介します。

NIJINアカデミーは、不登校の小中学生を対象としたオンライン・メタバース型のオルタナティブスクール（小中高一貫）です。特徴を整理すると次のとおりです。

ハイブリッド通学：週1回のリアル教室＋週4回のメタバース通学という組み合わせで、無理なく人とのつながりをつくれる設計。
全国42教室：リアル教室が全国各地に広がっており、オンラインだけで完結しない「リアルな居場所」も選べます。
出席認定率97%：在籍校での出席扱いにつながりやすいよう、学びのポートフォリオづくりをサポート。保護者がそれを在籍校に持参することで、学校長の裁量で出席扱いや成績評価が認められる仕組みです。
900名以上が入学：多くの不登校のお子さんが利用しており、同じ経験をした仲間と出会えます。

メタバース上の教室では、アバターを通じて参加できるため、顔を出すことや対面の緊張が苦手なお子さんでも、少しずつ他者と関われるのが大きな利点です。「まずは画面越しから」「慣れたら週1回リアル教室へ」と、段階的にステップアップできる点は、親子分離不安を抱える低学年のお子さんにも合いやすいでしょう。

教室検索：お近くのリアル教室を探すには https://academy.nijin.co.jp/realclassroom/
オンライン相談：無料の個別相談は https://www.jicoo.com/t/nijin/e/academy

もちろん、オンラインが唯一の正解ではありません。お子さんの状態や性格、家庭の状況によって最適な選択肢は変わります。「今のわが子に合うか」を軸に、複数の選択肢を並べて比べることが大切です。

出典：NIJINアカデミーとは？（公式）

8. よくある質問（FAQ）

Q1. 小学生の不登校はどのくらい増えているのですか？ A. 令和6年度（2024年度）の文部科学省調査では、小学校の不登校児童生徒数は約13万7千人。10年前と比べて大きく増加しており、決して特別なことではありません。

Q2. 低学年（1〜2年生）でもフリースクールに通えますか？ A. 通えます。ただし低学年を受け入れていない施設もあるため、対象年齢の確認が必須です。送迎や親子分離不安への配慮も含めて選びましょう。

Q3. フリースクールの費用はどのくらいですか？ A. 月謝は平均約3.3万円、入会金は平均約5.3万円が目安です（文科省調査）。オンライン型はやや安めの傾向があります。

Q4. 費用の補助はありますか？ A. 東京都は月額2万円を上限とする助成、荒川区・北区・葛飾区、名古屋市など、自治体独自の制度が広がっています。お住まいの自治体で最新情報を確認してください。

Q5. フリースクールに通うと学校の出席扱いになりますか？ A. 校長の判断で出席扱いにできます。文科省の要件を満たし、学校との連携があることが前提です。まず担任に相談しましょう。

Q6. 学校には戻れなくなりませんか？ A. フリースクールは学校復帰を妨げるものではありません。安心できる居場所で自信を取り戻した結果、再び学校や別の進路に進む子も多くいます。

Q7. 勉強の遅れが心配です。 A. 学習支援型のフリースクールやオンライン学習を活用すれば、本人のペースで学び直せます。まずは心の安定を優先し、学習は段階的に取り戻す考え方が有効です。

Q8. 家からまだ出られません。どうすればいいですか？ A. オンライン・メタバース型のフリースクールなら自宅から参加できます。アバターを通じて少しずつ人とつながり、慣れてから通所を検討する流れも選べます。

Q9. どこに相談すればいいか分かりません。 A. 担任、スクールカウンセラー、または自治体の教育支援センター・教育相談窓口が入り口になります。一人で抱え込まないでください。

Q10. 見学のときに何を見ればいいですか？ A. お子さんが安心できそうか、スタッフの関わり方、対象年齢や利用ペースの柔軟さを確認しましょう。必ず親子で体験してから決めるのがおすすめです。

9. まとめ——一人で抱え込まないで

小学生のフリースクール選びで大切なのは、「学校に戻すこと」を唯一のゴールにせず、お子さんが安心できる居場所を確保することです。費用や出席扱い、公的窓口の情報を押さえたうえで、通学型・オンライン型を問わず「今のわが子に合う場所」を、親子で見学しながら探していきましょう。

そして、保護者であるあなた自身も、どうか一人で抱え込まないでください。相談できる窓口は必ずあります。

不登校に関する無料相談ダイヤル：0120-0-78310（24時間子供SOSダイヤル）

オンラインという選択肢——家から出られない時期こそ

不登校が続くと、多くのお子さんは少しずつ家から出づらくなっていきます。学校という毎日の場を離れることで、同世代との関わりや、さまざまな体験の機会が失われていく。すると「自分だけ取り残されている」という感覚が生まれ、自信の喪失、そして長期のひきこもりへとつながってしまう懸念もあります。

だからこそ、家から出られない時期こそ、オンラインの居場所が意味を持ちます。 アバターや画面越しなら、対面の緊張なしに人とつながれる。小さな会話や小さな成功体験を、家にいながら積み重ねられる。それが「自分はここにいていい」という感覚を取り戻す、最初の一歩になります。

オンラインとリアル、それぞれの良さを比べてみましょう。

比較項目	リアル（通学型）	オンライン（メタバース等）
通いやすさ	送迎・距離の負担あり	自宅から参加でき負担が小さい
対人の緊張	対面のため緊張しやすい	アバター越しで緊張が和らぐ
体験の幅	身体を使う活動・直接交流が豊富	画面中心だが全国の仲間と出会える
家から出られない時期	ハードルが高い	最初の一歩として入りやすい
つながりの質	直接の関わりで深まりやすい	段階的に関係を築ける
段階的なステップ	いきなり通所は負担が大きい場合も	オンライン→週1リアルと移行しやすい