中学生のフリースクール完全ガイド｜内申・高校進学・出席扱い・費用と全国12校【2026年版】

結論（早見）：中学生がフリースクールを選ぶとき、確認すべき4つのこと

中学生の場合、小学生とは判断のポイントが変わります。内申点・高校進学・卒業資格・出席扱い——この4つがどうなるかを先に押さえておくと、あとで慌てずにすみます。この記事では、文部科学省の一次資料と、8つの都道府県教育委員会が実際に公表している入学者選抜の制度を確認しながら整理しました。

データで見る：中学生の不登校はいま何人か

文部科学省が令和7年10月に公表した「令和6年度 児童生徒の問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査」によると、中学校の不登校生徒数は216,266人。1,000人あたり67.9人で、およそ15人に1人という計算になります。小学校137,704人と合わせた小・中学校計は353,970人で、12年連続の増加、過去最多でした。

学年	不登校児童生徒数
小1	8,738人
小2	14,125人
小3	19,460人
小4	25,322人
小5	31,979人
小6	38,080人
中1	58,736人
中2	77,066人
中3	80,464人

この表で目を引くのは、小6（38,080人）から中1（58,736人）で約1.54倍に増えることです。いわゆる「中1ギャップ」がはっきり数字に出ています。中2・中3ではさらに増え、中3は80,464人です。

一方で、あまり知られていない事実もあります。中学校の不登校生徒数は前年度216,112人からほぼ横ばい（+154人）で、「中学生の不登校が激増し続けている」とは言えません。増えているのは小学校（130,370人→137,704人）です。さらに、新たに不登校になった生徒の数は中学校83,409人（前年度90,853人）で、小中合計では9年ぶりに減少しました。総数が過去最多なのは、長く休んでいる子が積み上がっているためです。国の対策の全体像は文部科学省「COCOLOプラン」（PDF）にまとまっています。

中学生の「学校以外の居場所」5つを比べる

フリースクールだけが選択肢ではありません。費用も出席の扱いも違うので、まず全体像から見てください。

選択肢	費用	在籍	出席の扱い	向いている状況
別室登校・保健室登校	無料	在籍校のまま	出席	教室はきついが、学校の建物には入れる
教育支援センター（適応指導教室）	原則無料	在籍校のまま	出席扱いになることが多い	学校に行くのはしんどいが、外には出られる
学びの多様化学校（旧・不登校特例校）	公立なら授業料無償	その学校に転校	在籍＝出席	通える範囲にあり、環境を変えたい
民間のフリースクール	無料〜月5万円台	在籍校のまま	要件を満たせば出席扱いになる場合がある	学校以外の居場所で人とつながりたい
オンライン・自宅でのICT学習	施設により異なる	在籍校のまま	要件を満たせば出席扱いになる場合がある	まだ家から出るのが難しい

公的な選択肢の詳細は、学びの多様化学校とは？全国の一覧・設置形態・費用と、文部科学省「教育支援センター整備指針（試案）」をご覧ください。

休んだ日を「出席扱い」にできる場合があります（文部科学省の現行ルール）

学校を離れて過ごす日が増えると、「欠席が積み重なるのが不安」という声をよく聞きます。いまは、学校外で学んだ日を指導要録上の出席扱いにできる仕組みがあります。根拠は令和元年10月25日「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」元文科初第698号で、別記1（学校外の公的機関・民間施設で相談・指導を受ける場合）と別記2（自宅でICT等を活用した学習活動を行う場合）に要件が示されています。よく引用される平成17年の通知（17文科初第437号）はこの通知で廃止済みなので、現行の根拠は別記1・別記2です。

ルート	主な要件（要約）	だれが判断するか
別記1：学校外の施設に通う	保護者と学校の間に十分な連携・協力関係があること／原則は教育支援センター等の公的機関。それが困難で本人・保護者が希望する場合は民間施設も考慮／その施設に通所または入所して相談・指導を受けていること	在籍校の校長（教育委員会と連携し、文科省の「民間施設についてのガイドライン（試案）」を参考に判断）
別記2：自宅でICT等を使って学ぶ	保護者と学校の間に十分な連携・協力関係があること／訪問等による対面指導が適切に行われること／学校外の施設で相談・指導を受けられないような場合であること	在籍校の校長

また、令和6年8月には学校教育法施行規則が改正され（令和6年文部科学省令第24号・告示第127号）、欠席中に学校外で学んだ成果を成績評価に反映できることが法令上位置づけられました（令和6年8月29日 6文科初第1126号／改正の解説資料PDF）。出席扱い（通知にもとづく）と成績評価（法令にもとづく）は別の制度です。

成績評価に反映するための3つの要件（要約）
① 学習の計画・内容が、在学する学校の教育課程に照らして適切と認められること
② 学校と保護者・教育支援センター・民間団体等との間に十分な連携協力関係があり、学校が学習活動の状況を定期的・継続的に把握していること
③ 学校が訪問による対面指導等で状況を定期的・継続的に把握し、子どもと学校の適切な関わりを維持するよう留意していること

保護者向けには、2026年4月に公表された文部科学省のリーフレット（保護者等向け・PDF）が最も分かりやすくまとまっています（学校・教育委員会向け版はこちら）。担任やスクールカウンセラーに相談するときに持っていくとよいと思います。

中学生の最大の関心事——調査書（内申）はどうなる？

ここが中学生ならではのポイントです。結論から言うと、調査書の扱いは都道府県ごとにまったく違います。「不登校でも内申は不利にならない」という全国共通のルールはありませんし、逆に「不登校だと高校に行けない」ということもありません。

下の表は、8つの都道府県教育委員会が公表している入学者選抜の制度を、公式ページの記述にもとづいて整理したものです。同じ「自己申告書」という名前でも、県によって役割が正反対に近いほど違うことが分かります。

都道府県	制度名	公表されている内容	公式ページ
埼玉県	不登校の生徒などを対象とした特別な選抜（令和8年度入学者選抜実施要項 第6）	原則として全日制・定時制の全ての学校・学科等で実施。出願資格は「中学校在学中に一過性のつまずきなどにより不本意な中学校生活を送った者で、在学中学校長が該当すると認めた者」。希望者は自己申告書（様式6）を在学中学校長を経て志願先高校長に提出し、個人面接を実施する。募集人員は定めない。	公式ページ
福岡県	長期欠席者特例措置（令和8年度福岡県立高等学校入学者選抜要項）	一般入学者選抜において全ての高校の学科・コース・系で希望者に特例による選考を行う。対象は①入学後に継続して登校する意志がある者、かつ②中学3年生の12月末日現在の欠席日数が70日以上の者。選抜では「調査書の各教科の学習の記録の第3学年における評定を資料とせず」、学力検査・面接の結果等で総合的に選考する。	公式ページ
愛知県	長期欠席者等にかかる選抜方法	全日制の一般選抜、定時制・通信制の全ての高校・学科で実施。申請できるのは「やむを得ない事情により、第3学年における欠席等の日数が出席しなければならない日数の半分以上である者」。「欠席等の日数」には別室登校・教育支援センター等での相談指導・自宅ICT学習の日を含む。適用者には個人面接の実施、調査書の「学習の記録」を参考として取り扱う等の配慮がなされる。	公式ページ
東京都	都立チャレンジスクール（定時制単位制・総合学科）	都教育委員会は「主に小・中学校での不登校の経験や高校での中途退学の経験により、これまで能力や適性を十分に生かしきれなかった生徒」を対象とする高校と説明。学力検査や調査書によらず、実施要綱に「調査書の提出は必要としない」と明記され、検査は面接及び作文。実施校は六本木・大江戸・世田谷泉・稔ヶ丘・桐ケ丘・小台橋・立川緑の7校（ほかに八王子拓真高校チャレンジ枠）。	公式ページ
北海道	北海道有朋高等学校 自己推薦による入学者選抜／通信制課程の選抜	令和8年度実施要項に、自己推薦選抜・通信制課程のいずれについても「個人調査書の内容のうち『出欠の記録』については、選抜の資料として使用しないものとする」と明記されている。	公式ページ
千葉県	地域連携アクティブスクールの入学者選抜／一般入学者選抜の自己申告書（様式4）	地域連携アクティブスクールの選抜要項に「調査書の教科の学習の記録に評定の記載のない教科がある場合等については、他の選抜の資料と併せて総合的に判定する」と規定。一般入学者選抜では自己申告書（様式4）を提出でき、「志願者から提出された自己申告書は、選抜の資料としない。提出されたことにより不利益な取扱いをすることのないよう十分に留意する」と明記。	公式ページ
大阪府	自己申告書（全志願者が提出。選抜資料の一つ）	令和8年度入学者選抜方針に「志願者は、出願時に自己申告書を提出するものとする」と規定。学科・選抜区分により扱いが異なり、総合学科（ステップスクール）では自己申告書を面接の参考資料とし、多部制単位制Ⅰ部・Ⅱ部（クリエイティブスクール）等では調査書・学力検査・面接・自己申告書を選抜の資料とする。	公式ページ
神奈川県	特別な事情のある人への配慮（長期欠席者の選抜方法の取扱い申請）	県教育委員会のページに「病気等、特別な理由で中学校を長期間欠席した人は、中学校を通じて、選抜方法の取扱について申請することができます」と記載。欠席日数等の条件があるため中学校の先生と相談のうえ申請する運用。詳細は各年度の実施要領による。	公式ページ

なお、高等学校への入学資格は「中学校を卒業した者」等と定められています（文部科学省）。中学校を卒業していれば、高校を受験すること自体はできます。

高校進学の選択肢——全日制だけではありません

「高校に行けるだろうか」という不安が、中学生の保護者にとって最も大きいところだと思います。実際には、道は一つではありません。

進路	どんな学校か	特徴	公式情報
全日制高校	平日の日中に通う一般的な高校	都道府県によっては不登校生徒への配慮制度がある（上の表を参照）	—
定時制高校	夕方・夜間などに通う課程	1日の授業時間が短く、自分のペースで通いやすい	—
通信制高校	レポート・スクーリング・試験・メディア視聴で学ぶ	卒業要件は74単位以上。通学日数が少なく、働きながらも学べる	文部科学省「通信制高校とは？」
高等専修学校（専修学校高等課程）	中学卒業者を対象とした実践的な職業教育	修了者に大学入学資格が認められる課程もある	文部科学省「高等専修学校とは」
都立チャレンジスクール等	不登校経験者などを主な対象とする公立高校	東京都では調査書の提出を必要とせず、面接と作文で選考	東京都教育委員会
高等学校卒業程度認定試験（高認）	高校に在籍せず、試験の合格で大学等の受験資格を得る	受験する年度の終わりまでに満16歳以上。年2回実施	文部科学省

通信制高校を選ぶときは、文部科学省「高等学校通信教育の質の確保・向上」のページも参考になります。学校ごとに体制が大きく異なるため、学費だけでなくサポート内容も比べてください。

中学生を受け入れている全国のフリースクール12校（比較一覧）

公式サイトを1件ずつ確認し、中学生の受け入れが明記されている施設だけを掲載しています。費用は公式サイトに金額の記載があるものだけを書き、記載がないものは「要問い合わせ」としました。まとめサイトの数字は使っていません。

No.	施設名	所在地	対象	費用	高校進学サポート
1	フリースクール札幌自由が丘学園	北海道札幌市東区	小学生・中学生（在籍したまま通学可）	要問い合わせ（体験入学は「特別な場合を除いて費用はかかりません」と記載）	通信制高校や併設の高等部・三和高等学校への進学実績、学校復帰・就職の支援を公式に記載
2	フリースクール（認定NPO法人 PASS ON）	宮城県仙台市青葉区	小学生・中学生	無料（イベント等の際に費用がかかる場合あり）	公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
3	フリースクール りんごの木（NPO法人 越谷らるご）	埼玉県越谷市	6歳以上20歳まで	入会金50,000円／いつでもコース 月33,000円・ときどきコース（月4日まで）月15,750円	公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
4	フリースクール ネモ（NPO法人ネモネット）	千葉県習志野市	小・中・高校生	要問い合わせ（NPO会員年会費4,000円の記載あり）	公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
5	フリースクール東京シューレ（認定NPO法人東京シューレ）	東京都北区（王子）・大田区（大田）	小学1年生年齢〜20歳（在籍は最長23歳まで）	入会金153,000円／月会費52,800円（税込）。月会費減額制度・奨学基金あり	高卒資格の取得を目指しながらフリースクール所属を継続できる「高校コース」を公式に記載
6	フリースクールたんぽぽ（NPO法人ハッピーラボ）	愛知県名古屋市中区（金山駅徒歩5分）	中学生を含む不登校の児童生徒	要問い合わせ	公式に「フリースクールたんぽぽの子ども達は、全員、在籍校の出席扱いです」と記載。通学
7	フリースクール・フォロ（NPO法人フォロ）	大阪府大阪市東成区（森ノ宮駅徒歩5分）	6歳（小1年齢）〜19歳	仮入会：入会金20,000円／月会費25,000円。本入会：半年一括200,000円または月極分割35,200円（いずれも税込）	進学・就労相談への対応と、学校への出席報告の仕組みを公式に記載
8	箕面こどもの森学園（認定NPO法人コクレオの森）	大阪府箕面市	小学部（小1〜6）・中学部（中1〜3）	要問い合わせ	公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
9	箱崎自由学舎 えすぺらんさ（認定NPO法人 箱崎自由学舎ESPERANZA）	福岡県福岡市東区（箱崎九大前駅徒歩3分）	中学生を含む中高生が主対象（小学生向けフリースペースも開設）	要問い合わせ	通信制高校との同時入学による高卒資格取得サポート（レポート提出指導・スクーリング出席
10	フリースクール風の里（NPO法人フリースクール風の里）	福岡県行橋市	学校に通うことが困難な小中学生（居住地は問わない）	要問い合わせ	「一人ひとりの性格や学力に応じた学習と進路指導」を公式に記載
11	珊瑚舎スコーレ	沖縄県南城市	中等部（中1〜3）	入学金38,500円／授業料 年420,000円＋教育活動維持費 年277,200円（年間合計697,200円）。減免制度・奨学金あり	高等部を高等専修学校として設置しており、中等部からの内部進学ルートがある
12	クラスジャパン小中学園	全国（オンライン）	小学生・中学生	入会金11,000円／月額利用料27,500円（税込）。初月の月額は無料。学習教材・ネット部活・体験活動の費用を含み追加費用なし	「出席扱い」を目指す仕組みを掲げ、在籍校の担任・校長への相談と必要書類の作成をスタッ

12校を1施設ずつ紹介

1. フリースクール札幌自由が丘学園（北海道・札幌市東区）

午前は各教科の授業や個別学習、午後は体育・芸術・身体表現。校則はなく「みんなが気持よく過ごすために話し合って決めた約束事」で運営しています。
対象：小学生・中学生（在籍したまま通学可）　費用：要問い合わせ（体験入学は「特別な場合を除いて費用はかかりません」と記載）
高校進学サポート：通信制高校や併設の高等部・三和高等学校への進学実績、学校復帰・就職の支援を公式に記載
公式サイトを見る

2. フリースクール（認定NPO法人 PASS ON）（宮城県・仙台市青葉区）

毎週火曜・木曜の13:00〜16:00に開設。公認心理師や社会福祉士が在籍し、小児科医が常駐する医療施設内で運営しています。保護者相談も受け付けています。
対象：小学生・中学生　費用：無料（イベント等の際に費用がかかる場合あり）
高校進学サポート：公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
公式サイトを見る

3. フリースクール りんごの木（NPO法人 越谷らるご）（埼玉県・越谷市）

開室10:00〜18:00。本人の自由なペースを尊重する運営で、見学・体験を経て本人の意思確認を最優先に入会を決めます。兄弟姉妹割引・減免制度あり。
対象：6歳以上20歳まで　費用：入会金50,000円／いつでもコース 月33,000円・ときどきコース（月4日まで）月15,750円
高校進学サポート：公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
公式サイトを見る

4. フリースクール ネモ（NPO法人ネモネット）（千葉県・習志野市）

「居ること・在ること」を大事にする居場所型。活動や学びありきではなく土台づくりから始める方針です。親サロン・ひきこもりサロン・電話相談も運営しています。
対象：小・中・高校生　費用：要問い合わせ（NPO会員年会費4,000円の記載あり）
高校進学サポート：公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
公式サイトを見る

5. フリースクール東京シューレ（認定NPO法人東京シューレ）（東京都・北区（王子）・大田区（大田））

1985年設立の草分け的なフリースクール。カリキュラムを与えるのではなく、子どもがミーティングで活動や過ごし方を決める運営が特徴です。
対象：小学1年生年齢〜20歳（在籍は最長23歳まで）　費用：入会金153,000円／月会費52,800円（税込）。月会費減額制度・奨学基金あり
高校進学サポート：高卒資格の取得を目指しながらフリースクール所属を継続できる「高校コース」を公式に記載
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6. フリースクールたんぽぽ（NPO法人ハッピーラボ）（愛知県・名古屋市中区（金山駅徒歩5分））

クラスや学年の区分けがなく、時間割・登下校時間が自由。教員免許を持つスタッフが在籍しています。開館は月〜金10:00-16:00。
対象：中学生を含む不登校の児童生徒　費用：要問い合わせ
高校進学サポート：公式に「フリースクールたんぽぽの子ども達は、全員、在籍校の出席扱いです」と記載。通学定期の利用も可
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7. フリースクール・フォロ（NPO法人フォロ）（大阪府・大阪市東成区（森ノ宮駅徒歩5分））

「いる する つながる」を掲げる居場所型。子どもが過ごし方を自分で決めます。見学・体験入会は無料。大阪市塾代助成事業・独自減免制度があります。
対象：6歳（小1年齢）〜19歳　費用：仮入会：入会金20,000円／月会費25,000円。本入会：半年一括200,000円または月極分割35,200円（いずれも税込）
高校進学サポート：進学・就労相談への対応と、学校への出席報告の仕組みを公式に記載
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8. 箕面こどもの森学園（認定NPO法人コクレオの森）（大阪府・箕面市）

フレネ教育・イエナプラン教育をベースにしたオルタナティブスクール。ESD（持続可能な開発のための教育）を実践し、2015年にユネスコスクールに認証されました。
対象：小学部（小1〜6）・中学部（中1〜3）　費用：要問い合わせ
高校進学サポート：公式サイトに高校進学サポートの明示的記載は確認できず（要問い合わせ）
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9. 箱崎自由学舎 えすぺらんさ（認定NPO法人 箱崎自由学舎ESPERANZA）（福岡県・福岡市東区（箱崎九大前駅徒歩3分））

少人数でマンツーマンに近い個人指導。「生徒の意見を尊重し、生徒と一緒に学ぶ」方針を掲げています。
対象：中学生を含む中高生が主対象（小学生向けフリースペースも開設）　費用：要問い合わせ
高校進学サポート：通信制高校との同時入学による高卒資格取得サポート（レポート提出指導・スクーリング出席指導・テスト対策）を公式に記載
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10. フリースクール風の里（NPO法人フリースクール風の里）（福岡県・行橋市）

「集団生活における様々な経験」を最重視し、異なる環境の者同士がふれあい行動を共有することで人格形成を図ります。9:00〜19:00、土日祝休。
対象：学校に通うことが困難な小中学生（居住地は問わない）　費用：要問い合わせ
高校進学サポート：「一人ひとりの性格や学力に応じた学習と進路指導」を公式に記載
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11. 珊瑚舎スコーレ（沖縄県・南城市）

ようちえん・フリースクール・高等専修学校を併設。通常授業期間中の体験入学・見学が可能で、遠方生徒向けの寮があり中2以上から寮体験ができます。
対象：中等部（中1〜3）　費用：入学金38,500円／授業料 年420,000円＋教育活動維持費 年277,200円（年間合計697,200円）。減免制度・奨学金あり
高校進学サポート：高等部を高等専修学校として設置しており、中等部からの内部進学ルートがある
公式サイトを見る

12. クラスジャパン小中学園（全国（オンライン））

在籍校に籍を置いたまま自宅から参加するオンラインフリースクール。ネット部活や体験活動など、学習以外の居場所機能も持っています。
対象：小学生・中学生　費用：入会金11,000円／月額利用料27,500円（税込）。初月の月額は無料。学習教材・ネット部活・体験活動の費用を含み追加費用なし
高校進学サポート：「出席扱い」を目指す仕組みを掲げ、在籍校の担任・校長への相談と必要書類の作成をスタッフが支援すると公式に記載
公式サイトを見る

費用はどのくらい？——公式に金額を公表している6校の実額

今回調べた12校のうち、公式サイトで金額を明記していたのは6校でした。この事実自体が実務的に重要で、「相場を知る」より「見学時に総額を必ず聞く」ほうが確実です。

施設	月額	入会金・入学金
認定NPO法人 PASS ON（仙台）	無料	なし
フリースクール りんごの木（越谷）	15,750円（月4日まで）／33,000円（毎日）	50,000円
フリースクール・フォロ（大阪）	25,000円（仮入会）／35,200円（本入会・月極分割）	20,000円
クラスジャパン小中学園（オンライン）	27,500円	11,000円
フリースクール東京シューレ（東京）	52,800円	153,000円
珊瑚舎スコーレ 中等部（沖縄）	年697,200円（月換算 約58,100円）	38,500円

課金の形も施設によってばらばらです。利用頻度で2コースに分かれるところ、年払いが原則のところ、月額に教材費まで含むところ——単純に平均を出しても意味がありません。なお、自治体の補助を使えば実負担は下がります（例：東京都は月額2万円が上限、名古屋市は最大で月22,000円）。制度の全国まとめはフリースクールの補助金・助成金 全国まとめにあります。

無料で使える公的な相談先

中学生の不登校で迷ったとき、まず頼れるのは無料の公的な窓口です。民間の施設を検討するのは、そのあとでも遅くありません。

窓口	どんなときに	連絡先・公式ページ
24時間子供SOSダイヤル	いますぐ誰かに話したいとき。子ども本人も保護者もかけられます	0120-0-78310（無料・24時間）／文部科学省の案内ページ
子供のSOSの相談窓口	どこに相談すればよいか分からないとき	文部科学省「子供のSOSの相談窓口」
SNS・チャットの相談窓口	電話が苦手なとき。LINEやチャットで相談できます	文部科学省「SNSで相談できる窓口」
子ども本人向けの窓口一覧	子ども自身が読めるふりがな付きのページです	文部科学省「24じかんに相談できる窓口」
スクールカウンセラー	学校を通じて無料で相談できます。予約は担任か学校の窓口へ	文部科学省 スクールカウンセラー等活用事業
教育支援センター（適応指導教室）	市区町村が設置する公的な居場所。原則無料で、出席扱いになることが多い	文部科学省「教育支援センター整備指針（試案）」PDF
お住まいの地域の相談窓口	47都道府県ごとの相談先がまとまっています	文部科学省「不登校に関する地元の相談窓口」
児童相談所相談専用ダイヤル	子育ての悩み全般。匿名でも相談できます	0120-189-783（無料・24時間）／こども家庭庁
体の症状が続くとき	腹痛・頭痛・眠れないなどが続く場合は小児科・児童精神科へ	日本小児心身医学会（一般の方へ）

オンラインという選択肢——日本最大級のオンラインのオルタナティブスクール「NIJINアカデミー」

よくある質問（FAQ）

中学生がフリースクールに通うと、中学校を卒業できますか？

フリースクールは学校教育法上の「学校」ではないため、在籍は地元の中学校のままです。卒業を認定するのは在籍中学校の校長で、学校教育法施行規則は「各学年の課程の修了又は卒業を認めるに当たつては、平素の成績を評価して、これを定めなければならない」「校長は、全課程を修了したと認めた者には、卒業証書を授与しなければならない」と定めています。実務上は、欠席が続いていても中学校を卒業できるのが通例ですが、これは法令上の自動保障ではなく校長の卒業認定によるものです。心配な場合は早めに担任・学年主任に確認してください。

内申点はどうなりますか？高校受験で不利になりませんか？

都道府県によって扱いがまったく違うため、全国一律の答えはありません。この記事の「調査書・内申はどうなる？」の表で、8つの都道府県が実際に何を公表しているかを整理しました。たとえば福岡県は長期欠席者特例措置の適用者について「調査書の各教科の学習の記録の第3学年における評定を資料としない」と明記し、東京都のチャレンジスクールは「調査書の提出は必要としない」としています。まずはお住まいの都道府県教育委員会が公表している入学者選抜実施要項を確認し、中学校の進路担当に相談してください。

出席扱いにしてもらうと、逆に「長期欠席者の配慮」の対象から外れてしまいませんか？

これは保護者からよく出る不安ですが、そうならないよう配慮している自治体があります。福岡県は「教育支援センターでの学習等により出席扱いとなり、欠席日数が70日未満となっている者」も、学習状況が長期欠席者と同等と認められれば対象とする救済規定を設けています。愛知県も「欠席等の日数」に別室登校・教育支援センターでの相談指導・自宅ICT学習の日を含めています。ただしこれは各都道府県の制度によるので、必ず地域の実施要項で確認してください。

中3から通い始めても間に合いますか？

地域の制度によっては対象になり得ます。福岡県は「中3の12月末日現在の欠席日数」、愛知県は「第3学年における欠席等の日数が出席しなければならない日数の半分以上」というように、中3の欠席状況が基準になる制度が複数あります。まずは在籍中学校の担任・進路担当に相談し、そのうえで通信制高校・定時制・高等専修学校・チャレンジスクールなど選択肢の全体像を見てください。

費用はどのくらいかかりますか？

今回調べた12校のうち、公式サイトで金額を明記していたのは6校でした。月額は0円（無料）から52,800円まで幅があり、入会金は0円〜153,000円です。公表していない施設のほうが多いので、見学時に必ず総額（入会金・月謝・教材費・行事費）を確認するのが実務的です。自治体の補助を使うと実負担が下がる場合もあります。

まず何から始めればいいですか？

いきなり民間の施設を探すより、①在籍中学校の担任・スクールカウンセラーに相談する ②市区町村の教育支援センター（適応指導教室）に問い合わせる（原則無料）③学びの多様化学校が通える範囲にあるか見る、の順に確認するのがおすすめです。そのうえで合う場所がなければ、民間のフリースクールやオンラインを検討してください。

高校に行かない選択肢もありますか？

あります。高等学校卒業程度認定試験（高認）は、受験する年度の終わりまでに満16歳以上になる方が受験でき、年2回実施されています。合格すれば大学・短大・専門学校の受験資格が得られます。ただし、まずは通信制高校や高等専修学校など「在籍しながら進む道」を一度見てから判断することをおすすめします。

まとめ：まず学校に相談し、地域の制度を読むこと

中学生の場合、選ぶ場所そのものよりも、①在籍校に先に相談すること ②お住まいの都道府県の入学者選抜実施要項を読むこと——この2つが結果を大きく左右します。出席扱いは校長の判断であり、調査書の扱いは都道府県ごとに違うからです。

そのうえで、無料の公的機関から順に確認し、合う場所がなければ民間のフリースクールやオンラインを検討してください。まだ家から出るのが難しい時期であれば、自宅から参加できる学びの場もあります。中学校の3年間は短く感じるかもしれませんが、進む道は一つではありません。

この記事で参考にした一次資料

• 文部科学省「児童生徒の問題行動・不登校等生徒指導上の諸課題に関する調査」（令和6年度）
• 同 調査結果 本体PDF（学年別の内訳）
• 文部科学省 令和6年度調査結果を踏まえた対応の充実について（通知）
• 文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」令和元年10月25日 元文科初第698号
• 同 別記1（学校外の公的機関・民間施設における相談・指導と出欠の取扱い）
• 同 別記2（自宅でのICT等を活用した学習活動と出欠の取扱い）
• 文部科学省「不登校児童生徒が欠席中に行った学習の成果に係る成績評価について（通知）」令和6年8月29日
• 文部科学省 保護者等向けリーフレット（2026年4月公表・PDF）
• 文部科学省「教育支援センター整備指針（試案）」PDF
• 文部科学省「高等学校入学資格について」
• 文部科学省「通信制高校とは？」
• 文部科学省「高等専修学校とは」
• 文部科学省「高等学校卒業程度認定試験」
• 文部科学省「学びの多様化学校の設置者一覧」
• 千葉県教育委員会「千葉県の主な不登校児童生徒支援について」

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