【最新版】中国・四国・九州地方のフリースクール助成金・補助金一覧｜不登校の利用料を抑える自治体まとめ

2025年11月28日2026年9月11日

※本記事の内容・金額は、2025年11月時点で各自治体のホームページを確認した情報をもとにしています。最新情報は必ず各自治体の公式サイトでご確認ください。

不登校の子どもが増える中で、学校以外の学び場としてフリースクールを利用する家庭が全国的に増えています。
しかし、通学費や利用料は家庭の負担が大きく、「できれば公的な補助制度を使いたい」と考える保護者は少なくありません。

実は近年、自治体が独自にフリースクール利用を支援する制度が少しずつ増えてきています。ただし、その内容や金額、対象は地域ごとに大きく異なり、制度の存在が分かりにくいのが現状です。

本記事では、中国・四国・九州エリアの自治体を中心に、フリースクール利用者が利用できる助成金や支援制度を整理して一覧化しました。

「自分の地域には支援があるの？」「どんな補助が対象なの？」
そんな疑問を持つ保護者の方が、必要な制度にスムーズにたどり着けるように、できる限り最新情報をまとめています。

「フリースクール　助成金（補助金）」「フリースクール　補助」「不登校　利用料」などで検索している方の、情報収集の手間を少しでも減らすことができれば嬉しいです。

【最新版】中国・四国・九州地方のフリースクール助成金・補助金一覧

ここでは、中国・四国・九州地方のうち、実際にフリースクールの利用料や通所に対する助成金・補助金制度が確認できた自治体をまとめています。

各自治体ごとの「対象」「金額のイメージ」「リンク」を一覧からチェックできますのでご確認ください。

※補助金額は「上限額」や「何割を補助」など自治体ごとに細かな条件があります。あくまで目安として記載し、詳細は必ず公式HPをご覧ください。

▼九州地方

市町村・自治体	制度名	対象者	補助内容	リンク
福岡県・久留米市	フリースクール等利用児童生徒支援事業	在籍校に30日以上登校困難な児童・生徒の保護者で民間フリースクール等に通う場合	入学金・利用料・教材費など利用開始にかかる費用の一部（支払額または3万円の低い額）、年1回のみ	公式HP
福岡県・大野城市	フリースクール利用児童生徒支援補助事業	市内在住で市立小中学校に在籍、不登校傾向の児童生徒の保護者で、認定フリースクールに通う家庭	月々の授業料および体験活動費などの一部を補助	公式HP
福岡県・古賀市	フリースクール等利用児童生徒支援補助金	市内在住で、不登校傾向の児童生徒の保護者で、他の補助を受けていない家庭	民間フリースクール等に支払う授業料等の補助	公式HP
大分県・別府市	別府市フリースクール等利用児童生徒支援補助金	学校に通いづらさがある児童生徒で、認定フリースクール等を利用する家庭	利用料（入学料・施設整備費除く）の一部を補助。上限月30,000円。生活保護・就学援助世帯は全額補助扱い	公式HP
大分県・日田市	フリースクール利用料補助金	市立小中学校在籍で認定フリースクールに通う児童生徒の家庭	利用料の補助。上限10,000円。	公式HP
沖縄県	バス・モノレール通学費等支援事業	所得要件を満たす世帯の中高生で、在籍校が出席扱いとするフリースクール通学者	公共交通費（バス・モノレール）を補助（無料化）	公式HP
沖縄県	バス・モノレール通学費等支援事業	所得要件を満たす世帯の中高生で、在籍校が出席扱いとするフリースクール通学者	公共交通費（バス・モノレール）を補助（無料化）	公式HP

▼中国・四国地方

市町村・自治体	制度名	対象者	補助内容	リンク
山口県・宇部市	フリースクール等利用支援補助金	市内在住の児童生徒で認定フリースクールに通う場合	利用料の一部補助（条件あり）	公式HP
広島県・安芸高田市	民間フリースクール等助成制度（2025年〜）	認定フリースクール通学者	教材費、体験活動費、実習費などを補助。上限50万円	公式HP
鳥取県・鳥取市	利用料補助金	フリースクール等通学児童生徒	授業料・交通費・実習費などを補助	公式HP
鳥取県・米子市	利用料等補助金	フリースクール・教育支援センター通学児童生徒	通所費用を補助	公式HP
愛媛県・今治市	今治市フリースクール利用児童生徒支援補助金	選定を受けたフリースクール通学者	月あたり通所費（上限10,000円）の1/3を補助	公式HP

補助金を利用するために必要な手続き・申請方法

フリースクールの助成金は、自治体によって申請フローが異なりますが、共通して必要になるのは次の3点です。

① 在籍校（小・中学校）での相談・確認

多くの自治体では、
「学校に30日以上登校が困難」
「在籍校による確認書が必要」
といった条件があるため、まずは学校（担任・生徒指導・教育相談室など）に相談します。

② フリースクール側に必要書類を依頼

申請には、以下のような書類をフリースクール側からもらう必要があります。

利用証明書
月々の領収書
フリースクールの概要資料
カリキュラムや活動内容の証明

自治体ごとにフォーマットが決まっていることもあります。

③ 市役所・県の教育委員会で申請

窓口はほとんどの場合、
教育委員会／学校教育課／子育て支援課
いずれかです。

申請期限が「年度ごと」「毎月」「利用前に申請」のどれなのかは自治体で大きく違うため、事前確認が必須です。

フリースクール助成金を受けるためのチェックリスト

次の条件に当てはまれば、多くの自治体で助成対象になる可能性があります。

✓ 市内（または県内）に住所がある

住民票の住所で判断されます。

✓ 在籍校への登校が一定期間困難

例：30日以上欠席・継続して不登校状態にある
※自治体の基準により異なる

✓ 家庭で該当のフリースクールに通っている（または通う予定）

認定・選定された団体に限る場合があります。

✓ 他の補助制度と重複利用していない

古賀市など、併給不可の例あり

✓ 領収書など、必要書類を提出できる

フリースクールから受領した領収書等の整理が必要です。

動画で見る｜不登校・引きこもり・発達障害など学校に合わないすべての子どもが輝く教育機関

家庭でいまできること

制度や相談先が分かっても、明日からどう過ごすかは別の話です。うまくいかない日があって当たり前という前提で、いま無理なくできそうなものだけを選んでください。全部やろうとしないことが、いちばん大事なコツです。

いま家庭で確かめておきたいこと

睡眠のリズムが崩れていないか（起きる時間より、寝る時間を先に整えるほうがうまくいきます）

食事が極端に減っていないか。体重の変化はないか

頭痛・腹痛・立ちくらみなど、体の訴えが続いていないか（続く場合は受診を検討してください）

「学校の話」以外で笑える時間が、1日に少しでもあるか

保護者自身が眠れているか。抱え込んでいないか

学校との連絡窓口が、担任1人に集中していないか

声のかけ方で迷ったときは

「なんで行けないの」と理由を問うと、子ども自身も説明できないことが多く、答えられない自分を責めてしまいます。理由を聞くより、いまの状態を言葉にして返すほうが伝わります。「しんどそうだね」「今日はゆっくりでいいよ」——それだけで十分な日があります。

逆に、避けたほうがよい言葉もあります。「みんな行ってるよ」「そんなことでどうするの」「甘えてるだけでしょ」。どれも本人がすでに自分に言っている言葉なので、外から重ねると逃げ場がなくなります。

相談先の選び方｜どこに何を聞けるか

相談先はひとつではありません。それぞれ役割が違うので、聞きたい内容で選ぶと早く進みます。

相談先の比較
相談先	聞けること	費用	向いている場面
在籍校（担任・スクールカウンセラー）	出席の扱い、校内の別室、学習の進め方	無料	まず学校での配慮を相談したいとき
教育支援センター（市区町村）	学校外の公的な居場所、通所と出席扱い	原則無料	学校の外に一歩を踏み出したいとき
フリースクール（民間）	体験活動中心の居場所、少人数の学び	月1〜5万円程度	興味や「やってみたい」から入りたいとき
オンライン	自宅から参加できる学び、出席扱いの実務	スクールにより異なる	外に出るのが難しい／近くに選択肢がないとき
医療機関（小児科・児童精神科）	体の不調の背景、診断と治療	保険診療	睡眠・食事・体の症状が続くとき
24時間子供SOSダイヤル	子ども本人・保護者どちらの相談も	無料・24時間	いますぐ誰かに聞いてほしいとき（0120-0-78310）

どこから始めればいいか迷ったら

まずは市区町村の教育委員会（教育相談室）に電話してみてください。学校を通さずに保護者から直接相談できる自治体がほとんどです。「今すぐ通える場所はありますか」「対象は何年生からですか」の2つを聞くだけでも、次の一手が見えてきます。全国の窓口は文部科学省のページから探せます。

学校に伝えるときの文例

言いたいことは決まっていても、いざ書こうとすると手が止まる——という声をよく聞きます。そのまま使える形にしました。丁寧すぎる必要はありません。事実と、してほしいことが伝われば十分です。

① しばらく休むことを伝える

いつもお世話になっております。◯年◯組の◯◯の保護者です。
本人の体調と気持ちの状態から、しばらく学校をお休みさせていただきます。
毎朝のご連絡が負担になっているため、こちらから連絡がない日は欠席としてお取り扱いいただけますでしょうか。状況が変わりましたら、その都度ご連絡いたします。

毎朝の欠席連絡は、家庭にとっても学校にとっても負担です。先にこの一文で合意しておくと、朝の消耗がなくなります。多くの学校が対応してくれます。

② 配慮をお願いする

◯◯は、教室の人数と音の多さで疲れてしまうことが多いようです。
つきましては、登校できた日は保健室や別室で過ごさせていただくことは可能でしょうか。
また、給食の時間だけ別室にする、掃除の時間は無理をさせない、といった形でもかまいません。
本人が続けられる形を一緒に考えていただけると助かります。

「配慮してください」だけでは学校も動きにくいので、場面と具体的な対処をセットで書くのがコツです。診断名は必須ではありません。

③ 出席扱いについて相談する

学校外での学びについてご相談させてください。
文部科学省の「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」（令和元年10月25日）に、学校外の施設で相談・指導を受けた場合や、自宅でICT等を活用した学習を行った場合の指導要録上の出席扱いについて定めがあると伺いました。
本校ではどのような運用になっていますでしょうか。また、要件を満たすために家庭で用意すべきものがあれば教えてください。

ポイントは「認めてください」ではなく「何を用意すればよいですか」と聞くことです。学校側も判断材料を求めています。要件の全文は教育支援センターとはの記事に原文どおり掲載しています。

④ 面談のあとに送る確認メール

本日はお時間をいただきありがとうございました。
確認させていただいた内容を念のためお送りします。
・当面は◯◯（別室／午後のみなど）で対応いただく
・◯◯（教育支援センター等）への通所を検討し、決まり次第ご連絡する
・出席の取り扱いについては、◯月◯日までにご回答いただく
認識に相違がありましたらお知らせください。

口頭の合意は、担任が変わると消えてしまいます。短くていいので記録に残しておくと、翌年度も引き継がれます。学校側にとっても助かる手順です。

伝える相手の順番

担任で止まっていると感じたら、学年主任 → 生徒指導主事 → 教頭・校長 → 市区町村の教育委員会（教育相談室）の順に相談先を上げてください。感情的にならず、これまでの経緯と依頼内容を時系列で整理して伝えるのが最短です。全国の窓口は文部科学省のページから探せます。

まぎらわしい用語の整理

不登校について調べていると、似た名前の制度がいくつも出てきて混乱しがちです。いちばん多い誤解は「教育支援センター」と「学びの多様化学校」を同じものだと思ってしまうことです。前者は在籍校に籍を置いたまま通う「施設」、後者は転校して在籍する「学校」で、まったく別物です。

似ているけれど別物の制度
用語	正体	在籍	費用	出席の扱い
教育支援センター（＝適応指導教室）	市区町村の教育委員会が運営する施設	在籍校のまま	原則無料	要件を満たせば出席扱い
校内教育支援センター（＝校内の別室）	在籍校の中に置かれた部屋	在籍校のまま	無料	出席として扱われる
学びの多様化学校（旧・不登校特例校）	特別の教育課程を組める正式な学校（全国84校）	その学校に転校	公立は無償／私立は学費	通常の出席
フリースクール	NPOや民間企業が運営する民間施設	在籍校のまま	月1〜5万円程度	要件を満たせば出席扱い
オンラインスクール	自宅から参加する民間のスクール	在籍校のまま	スクールにより異なる	自宅ICT学習の要件を満たせば可
通信制高校・サポート校	高校段階の学校と、その学習を支える施設	その高校に在籍	学校により異なる	高校の在籍として扱われる

この表でとくに見ておきたいのは「在籍」の列です。転校が必要かどうかで、手続きも心の準備もまったく変わります。教育支援センターやフリースクールは在籍校に籍を残したまま通えるので、「合わなければ戻る」ことができます。

名前が違っても中身は同じことがあります

とくに教育支援センターは、自治体ごとに「適応指導教室」「ふれあい教室」「ゆうゆう広場」「チャレンジ学級」などさまざまな愛称がついています。お住まいの市区町村で見つからないときは「◯◯市適応指導教室」「◯◯市教育相談不登校」でも検索してみてください。それでも出てこなければ、市区町村の教育委員会（教育相談室）に電話するのが最短です。全国の窓口は文部科学省のページにまとまっています。