フリースクールの補助金・助成金全国まとめ【2026年版】｜都道府県11・市区町村78の制度を公式ページで確認

2026年8月23日2026年10月16日

フリースクールの月謝は、全国平均でおよそ3万〜5万円。学校に行けなくなったうえに、この負担が家庭にのしかかります。「学校なら無償なのに」という気持ちを抱えている方も多いと思います。

ただ、この数年で、フリースクールの利用料を補助する自治体が急速に増えています。この記事では、都道府県11・市区町村78の制度を、すべて自治体の公式ページを開いて確認し、金額・条件・申請方法とあわせて一覧にしました。金額が公式ページに書かれていないものは「公式に確認できず」とそのまま書いています。まとめサイトによく出回っている数字のうち、公式と食い違うものは採用していません（そこも後半で指摘します）。

先に結論：3つだけ押さえてください

お住まいの「市区町村」から調べる。都道府県より市区町村のほうが制度が多く、金額も大きい傾向があります。
多くの制度が「在籍校の出席扱い認定」を条件にしています。先に学校へ出席扱いの相談をしておくと、補助の話が早く進みます。
さかのぼって申請できないことが多い。利用を始める前、遅くとも始めた月のうちに自治体へ問い合わせてください。

保護者と子どもが向き合う場面。費用の不安は、制度を知ることで軽くできる部分がある

助成の対象外だった場合も、公的な学び場や無料体験を含めた選択肢は無料で使える学び場と費用を抑える方法で整理しています。

まず調べる順番｜①市区町村 → ②都道府県 → ③国の制度

制度は3つの層に分かれています。いちばん手厚いのは市区町村の制度であることが多く、都道府県の制度と併用できる場合もあります（例：山梨県は県15,000円＋甲府市15,000円で月30,000円）。

制度の3つの層
層	主な内容	調べ方
①市区町村	フリースクール利用料そのものへの補助が中心。月額5,000円〜40,000円と幅がある。上限なしの自治体もある	「〔市区町村名〕フリースクール補助金」で検索。または教育委員会（学校教育課・指導課）へ電話
②都道府県	東京都・三重県・熊本県・和歌山県・山梨県・沖縄県などが保護者向けの制度を持つ。長野県は「認証制度」で市町村補助の土台をつくっている	「〔都道府県名〕フリースクール支援」で検索。県教育委員会へ問い合わせ
③国	フリースクール利用料そのものを国が直接補助する制度はありません。ただし就学援助・児童扶養手当などが、自治体の補助の受給要件になっていることが多い	就学援助は在籍校または市区町村の教育委員会へ

見落としやすい前提：まず「就学援助」を確認する

今回調べた78自治体のうち、かなりの数が「生活保護受給」または「就学援助認定」を条件、あるいは補助率を上げる条件にしています。就学援助は文部科学省が制度概要を示しており、申請先は在籍校または市区町村の教育委員会です。フリースクールの補助を調べる前に、まず就学援助の対象になるかを確認するほうが、結果的に受け取れる額が大きくなることがあります。

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【2026年8月時点】補助額が大きい自治体トップ15

公式ページで金額が確認できた市区町村を、月額の上限額が大きい順に並べました。ただし「上限額が大きい＝必ずその額がもらえる」ではありません。多くは補助率（1/2など）や所得区分が設定されています。

フリースクール利用料の補助額が大きい自治体（月額上限・公式ページで確認できたもの）
順位	自治体	上限額	補助率・区分
—	岩手県宮古市	上限の定めなし（利用料の額）	入学料・保険料・施設設備費は対象外
1	東京都荒川区	月額20,000円上限（年間240,000円上限）	都助成金との差額分
2	長野県長野市	年度上限156,000円（補助対象経費の1/2以内）	—
3	新潟県上越市	入学費（小75,000円／中100,000円・1回）、学習費（小20,000円／中22,500円・月額）、寮費（7,500円・月額）、食費（小17,500円／中20,000円・月額）	保護者負担額の1/2
4	千葉県千葉市	年額60,000円（電子クーポン／月あたり10,000円まで）	—
5	滋賀県草津市	月額40,000円上限	生活保護受給者10/10／就学援助受給者3/4／その他1/2
6	滋賀県彦根市	月額40,000円上限	要保護100%／準要保護75%／その他50%
7	滋賀県近江八幡市	月額40,000円上限	要保護100/100／準要保護100/75／その他100/50
8	滋賀県守山市	月額40,000円上限	所得区分に応じた助成率
9	滋賀県甲賀市	授業料月額40,000円上限／通所交通費月額10,000円上限	生活保護10/10／就学援助3/4／その他1/2
10	滋賀県湖南市	月額40,000円上限（対象経費の1/2）	—
11	滋賀県米原市	月額40,000円上限	生活保護10/10／就学援助3/4／その他1/2
12	滋賀県東近江市	一般世帯月額20,000円／準要保護世帯 30,000円／要保護世帯 40,000円	—
13	山梨県甲府市	月額30,000円上限（山梨県補助15,000円＋甲府市補助15,000円）	—
14	長野県諏訪市	月額30,000円を限度	要保護世帯100%／準要保護世帯75%／その他50%
15	長野県塩尻市	月額30,000円を限度	要保護10/10以内／準要保護3/4以内／その他1/2以内

岩手県宮古市が上限を設けていないのは、全国的に見てもかなり珍しい設計です。次いで滋賀県内の複数市（草津市・彦根市・近江八幡市・守山市・甲賀市・湖南市・米原市・東近江市）が月額40,000円、長野県諏訪市・塩尻市、大分県別府市・日田市が月額30,000円と続きます。

一方で、東京都は都の制度（月20,000円）に加えて区が上乗せする形をとっており、港区・品川区・板橋区・荒川区・足立区では合計で月額40,000円相当になり得ます。単純な金額比較では見えにくい部分です。

都道府県の制度一覧（保護者向け）

都道府県レベルで保護者に直接支給される制度を確認できたのは、次のとおりです。

都道府県のフリースクール関連支援制度（2026年8月23日時点・公式ページで確認）
都道府県	制度名	金額	対象・条件	備考
東京都	東京都フリースクール等利用者等支援事業（助成金）	月額20,000円上限	都内在住の小・中学生（不登校）の保護者。対象施設は都内で1年以上の活動実績があり、サポートプラン作成等の都の要件を満たすフリースクール等	入会金・施設維持費・教材費は対象外。四半期ごとに支給。区市による上乗せ制度が多数ある
三重県	フリースクール利用料支援事業	月額15,000円上限	小中学生・高校生・特別支援学校生徒等。所得要件あり（生活保護／就学援助／保護者全員が住民税所得割非課税／児童扶養手当受給のいずれか）。県教委が定めた要件を満たすフリースクール22施設が対象（オンラインは対象外）	施設向けの運営費補助とは別建ての保護者向け支援
熊本県	不登校児童生徒に対する経済的支援推進事業	前期・後期各20,000円上限（年間最大40,000円）	県内（熊本市を除く）の公立小中学校等に在籍する不登校児童生徒の保護者。就学援助認定を受け、教育支援センターまたはフリースクール等で在籍校の出席扱い認定を受けていること	対象は通所のための交通費および体験活動・実習等の個人負担実費の一部。熊本市在住者は対象外
和歌山県	フリースクール等に通う不登校児童生徒調査研究事業（調査研究協力金）	月額10,000円	県内公立小・中学校等に在籍し不登校状態でフリースクール等に通っている児童生徒。保護者が在籍校と日常的に連絡が取れること	「補助金」ではなく実態把握調査への協力金という位置づけで実施されている
山梨県	フリースクール利用料補助（県負担分）	月額15,000円上限（県負担分）	市町村の制度とあわせて利用する。詳細は居住市町村へ	甲府市の公式ページに「月額30,000円を上限（内訳：山梨県補助金15,000円＋甲府市補助金15,000円）」と明記されており、この内訳から確認した
沖縄県	バス通学費等支援事業	自宅からフリースクールまでのバス・モノレール通学費を全額支援（専用OKICAを交付）	在籍校が指導要録上「出席扱い」と認めるフリースクールに通う中高生の保護者で、住民税所得割非課税世帯／児童扶養手当か母子・父子家庭等医療費助成受給世帯／家計急変世帯のいずれかに該当	利用料そのものではなく通学交通費の支援
長野県	信州型フリースクール認証制度	県は認証と財政支援等を行う（家庭への補助額は各市町村の要綱で規定）	県内でフリースクール等民間施設を利用する児童生徒（施設が県の認証を受けていることが前提）	令和6年4月創設。県内の市町村補助は「信州型フリースクール認証施設であること」を要件にしている例が多い
富山県	フリースクール等通所児童生徒支援事業	公式ページ本文に補助率・上限額の記載なし（交付要綱を要確認）	「学校に行きづらい児童生徒」	市町村ごとではなく県が一元的に実施。電子申請可
茨城県	民間フリースクール連携推進事業	公式ページに具体額の記載なし（「所得要件等あり」と表記）	不登校児童生徒	通所に係る授業料等の補助と運営費補助の2本立てと公表されている
栃木県	不登校児童生徒に対する経済的支援推進事業	県教育委員会が支援金の額を設定	公立小・中学校に在籍し県内に住所を有する不登校児童生徒で、教育支援センター等に通い経済的に困窮している者（就学援助認定者等）。対象経費は交通費・体験活動実費	対象は「教育支援センター等」。フリースクールという語は公式ページに記載がない
鳥取県	（県はフリースクール施設への補助を実施。保護者向け助成は市単位）	—	—	県公式には補助対象施設の一覧のみ。県内では鳥取市・米子市・倉吉市・境港市が県教委ガイドライン準拠施設を対象に利用料助成を実施

「県の補助金」と紹介されているが、実は施設向けのもの

次の制度はフリースクールを運営する団体への補助金で、保護者が申請して月謝が安くなる制度ではありません。混同されがちなので、ここに分けて載せます（間接的には月謝の抑制につながっています）。

静岡県「静岡県フリースクール等支援事業費補助金」 — 対象経費の1/2以内・年100万円上限
福岡県「福岡県フリースクール支援事業補助金」 — 上限200万円（補助率1/2）
滋賀県「不登校等の子ども相談支援強化事業補助金」 — 必須事業150万円／任意事業50万円限度、補助率10/10
札幌市「札幌市フリースクール等民間施設事業費補助金」 — 年額160万〜320万円（受入児童生徒数に応じた段階制）
大阪府泉佐野市「泉佐野市フリースクール支援事業補助金」 — 公式ページに具体額の記載なし

市区町村の制度一覧（78自治体・すべて公式ページで確認）

都道府県順に並べています。お住まいの自治体が載っていない場合でも、制度が無いとは限りません（新設されたばかり、あるいは公式サイトでの掲載場所が分かりにくいことがあります）。教育委員会に直接電話するのがいちばん確実です。

市区町村のフリースクール利用料補助制度（2026年8月23日時点）
都道府県	自治体	金額	補助率・区分	主な条件	備考
北海道	北広島市	月額20,000円上限	生活保護世帯全額／就学援助世帯 3/4／その他 1/2	北広島市立小中学校に在籍する児童生徒の保護者	対象施設は不登校支援を主目的とし、学校・教委と連携でき、課業時間に開所し、運営状況・料金体系を情報提供している施設
岩手県	宮古市	利用料の額（上限の定めなし）	—	小中学生がフリースクールに在籍し利用料を負担している保護者	入学料・諸費用・保険料・施設設備費は対象外。上限を設けない設計は全国的に珍しい
山形県	山形市	月額15,000円上限（利用料の1/2）	—	市内公立小中学校在籍の不登校児童生徒の保護者で、生活保護／就学援助／世帯全員の所得割非課税／児童扶養手当受給のいずれか	経済困難世帯に限定
宮城県	仙台市	交通費助成のみ（金額の公式記載なし）	—	教育支援センターやフリースクール等の学校外施設に通う児童生徒の保護者等	市の公式回答で「フリースクール専用の助成金制度は導入していない」と明記されている
茨城県	つくば市	月額20,000円上限	—	市内居住の不登校児童生徒の保護者。市税滞納がないこと	通所事業・オンライン支援事業・訪問支援事業を行う民間事業者運営施設が対象
群馬県	前橋市	月額10,000円上限	—	市内在住または市立小中学校区域外就学の児童生徒の保護者で、生活保護受給または就学援助受給者	交通費が主な補助内容（1kmごと50円、日額上限500円）
埼玉県	吉川市	月額10,000円上限（利用料の1/3）	—	市内在住の15歳（義務教育後）から30歳未満のフリースクール通所者またはその保護者	義務教育後の年齢層を対象にする点が全国的にも珍しい。学習塾・サテライト校は対象外
千葉県	千葉市	年額60,000円（電子クーポン／月あたり10,000円まで）	—	千葉市立学校在籍の不登校小中学生。登録施設利用・在籍校で出席扱い・情報共有への承諾が条件	現金給付ではなく電子クーポン方式
千葉県	松戸市	月額10,000円上限（利用料の1/3）	—	市内在住・在学の小中学生で概ね年30日以上不登校、市認定フリースクール利用者の保護者	学習塾・習い事・通信教育は対象外
千葉県	印西市	月額20,000円上限	—	印西市に住所がある不登校児童生徒の保護者	市認定施設は「週1回以上開所・学校課業時間内の受入可能・学校との情報共有体制あり」が要件
東京都	港区	月額20,000円上限	利用料の1/2から都助成金交付決定額を差引いた額	都の交付決定を受けた区内在住の不登校児童・生徒の保護者	都助成金への上乗せ
東京都	品川区	月額20,000円上限	保護者負担額から都助成金を差引いた額	都の交付決定者かつ品川区立学校在籍児童・生徒の保護者	都助成金への上乗せ。他自治体からの助成がないこと
東京都	板橋区	月額20,000円上限	都助成金等を差引いた額	都の交付決定を受けた区内在住の不登校児童・生徒の保護者	都助成金への上乗せ。電子申請が基本
東京都	荒川区	月額20,000円上限（年間240,000円上限）	都助成金との差額分	都の交付決定を受けた区立学校在籍児童生徒の保護者。前年度住民税・国保料の滞納がないこと	都助成金への上乗せ
東京都	足立区	月額最大20,000円	他助成差引後の自己負担額が上限より少ない場合はその額	区内在住で在籍校に登校しない／できない状況でフリースクール等に通い、都の交付決定を受けている小・中学生の保護者等	対象施設は文科省定義の民間施設
東京都	北区	月額10,000円上限	都助成金差引後がそれ未満なら減額	都の交付決定を受けた北区立学校在籍児童・生徒の保護者	都助成金への上乗せ
東京都	葛飾区	月額10,000円上限	都助成金差引後がそれ未満ならその額	都の交付決定を受けた不登校児童・生徒で、保護者・児童生徒ともに区内居住者	都の「児童生徒通所施設一覧」掲載施設が対象
神奈川県	相模原市	公式ページに金額の記載なし	—	不登校の小・中学生	年度ごとの事前登録（エントリー）が必要。「市登録フリースクール」であることが条件。入学費・施設整備費・交通費等は対象外
神奈川県	海老名市	月額15,000円上限（授業料の1/2）	—	市内在住で概ね30日以上不登校、利用回数週1日以上、情報提供を承認する児童生徒の保護者	—
神奈川県	鎌倉市	月額13,000円上限（利用料等の1/2）	—	市内在住で登校困難、認定施設在籍、学校との情報共有に同意、市税滞納なし等7要件を満たす小・中・高校生の保護者	高校生も対象に含む
神奈川県	横須賀市	市が指定施設の利用料を負担（週3回・1回2時間程度・月12回まで無料）	—	就学援助費受給世帯の小・中学生で、病気や芸能活動等以外の理由で30日以上欠席	保護者への現金給付ではなく、市が指定4施設を無料で使えるようにする方式
新潟県	上越市	入学費（小75,000円／中100,000円・1回）、学習費（小20,000円／中22,500円・月額）、寮費（7,500円・月額）、食費（小17,500円／中20,000円・月額）	保護者負担額の1/2	不登校状態の児童生徒の保護者で市内に住所があり、生活保護受給世帯または住民税所得割課税額の合計が507,000円未満の世帯	入学費・寮費・食費まで対象とする点が全国的にも珍しい
山梨県	甲府市	月額30,000円上限（山梨県補助15,000円＋甲府市補助15,000円）	—	市内在住で、対象期間中に甲府市就学援助制度の認定を受けており、フリースクール等の利用が在籍校から指導要録上の出席扱いと認められていること	就学援助認定が前提
長野県	諏訪市	月額30,000円を限度	要保護世帯100%／準要保護世帯75%／その他50%	市内在住で、申請日から前1年以内に在籍校へ概ね30日以上登校していない児童生徒。信州型フリースクール認証施設に月1回以上通所	—
長野県	塩尻市	月額30,000円を限度	要保護10/10以内／準要保護3/4以内／その他1/2以内	信州型認証フリースクールを利用する市内在住児童生徒の保護者。過去1年以内に15日以上欠席、原則週1回以上利用	欠席日数の要件が15日以上と、30日以上を求める自治体より緩やか
長野県	長野市	年度上限156,000円（補助対象経費の1/2以内）	—	市内在住で市長が定めるフリースクール等を利用し、対象期間中に長野市就学援助を受けていること	就学援助受給が要件
長野県	松本市	月額15,000円上限（補助対象経費の1/2以内）	—	信州型フリースクール認証制度の認証を受けているフリースクール等を利用する児童生徒	市税滞納がない証明書が必要
長野県	茅野市	月額15,000円上限（補助対象経費の1/2以内）	—	市内在住で概ね30日以上欠席し、就学援助または生活保護を受けており、市税を滞納していないこと	—
長野県	須坂市	月額10,000円上限（利用料の1/2以内）	—	市のガイドラインに沿って在籍校と連携が取れており、信州型フリースクール認証施設を利用する児童生徒	入会金・教材費・交通費等は対象外
長野県	中野市	月額10,000円上限（利用料の1/2）	—	信州型フリースクール認証施設を利用する市内在住児童生徒の保護者	—
長野県	千曲市	月額10,000円上限	就学援助認定世帯100%／その他50%	長野県認証フリースクール等に通う市内在住児童生徒	原則、在籍校の授業時間にフリースクール等へ通っていること
長野県	飯田市	1日500円かつ月額5,000円が上限（就学援助費受給世帯は月額10,000円）	支払った費用の全額	市内に住所を有し、利用が在籍校長により指導要録上出席扱いとされている児童生徒の保護者	—
愛知県	名古屋市	就学援助認定者は月額22,000円上限（補助率1/2）、それ以外は月額11,000円上限（補助率1/4）	—	名古屋市立小学校・中学校・特別支援学校（小学部・中学部）に在籍し民間フリースクール等を利用する児童生徒の市内在住保護者	令和8年4月以降の利用料が対象。一部まとめサイトが記す「月額30,000円上限」は公式記載と異なる
愛知県	豊田市	月額20,000円上限	—	市立小・中・特別支援学校在籍かつ市内在住で、申請前1年以内に概ね30日以上登校していない児童生徒の保護者。生活保護または就学援助受給、市税滞納なし	対象経費は利用料・教材費・実習/行事参加費。入会金、施設維持管理費、食費、交通費等は対象外
愛知県	大府市	月額20,000円上限（授業料の半額）	—	市立小中学校に在籍し長期欠席傾向にある児童生徒の保護者で、学校長が出席扱いと認めたフリースクール等を利用	入会金・年会費・交通費・寮費・教材費・実習費・イベント参加費等は対象外
愛知県	みよし市	交通費のみ：月額10,000円または交通費の1/3のいずれか低い額	—	市立小中学校在籍かつ市内在住、申請前1年以内に30日以上登校していない児童生徒の保護者	公式ページで確認できた補助対象は交通費のみ。自家用車送迎は1kmあたり37円で算定
三重県	伊賀市	月額20,000円上限	—	市立小中学校在籍、市内住所、市税滞納なし、前1年間に概ね30日以上不登校、三重県教育委員会が定める対象フリースクールに週1回以上通所	三重県の月額15,000円の県制度に加えて市が独自に実施
滋賀県	草津市	月額40,000円上限	生活保護受給者10/10／就学援助受給者3/4／その他1/2	申請前1年以内に概ね30日以上不登校、認定施設に週1回以上通所、学校・施設間の情報共有に同意	全国最高水準の部類
滋賀県	彦根市	月額40,000円上限	要保護100%／準要保護75%／その他50%	市内に住所、市税滞納なし、他の公的助成を受けていないこと	原則3か月分一括で申請
滋賀県	近江八幡市	月額40,000円上限	要保護100/100／準要保護100/75／その他100/50	市長が認めるフリースクール等民間施設を利用する小中学生	施設向け運営支援補助金（1施設200万円限度）も別途あり
滋賀県	守山市	月額40,000円上限	所得区分に応じた助成率	市内に住所、申請前1年以内に30日以上不登校、市認定施設	—
滋賀県	甲賀市	授業料月額40,000円上限／通所交通費月額10,000円上限	生活保護10/10／就学援助3/4／その他1/2	申請前1年以内に概ね30日以上不登校、週1回以上通所、市が認定した施設	授業料に加えて通所交通費も別枠で補助対象
滋賀県	湖南市	月額40,000円上限（対象経費の1/2）	—	申請前1年以内に30日以上欠席、週1日以上通所、市ガイドライン適合施設	—
滋賀県	米原市	月額40,000円上限	生活保護10/10／就学援助3/4／その他1/2	市内に住所、前1年以内に30日以上不登校、市教委認定施設に週1回以上通所、市税滞納なし	学期ごとに申請
滋賀県	東近江市	一般世帯月額20,000円／準要保護世帯 30,000円／要保護世帯 40,000円	—	市立小中学校在籍・市内在住	令和6年度開始。学期ごとに申請
滋賀県	大津市	月額10,000円上限	—	直近1か月で在籍学級での活動に7日以上参加していない市内在住児童生徒。在籍校長が出席扱いと認めていること	欠席要件が「直近1か月で7日以上」と短い
滋賀県	長浜市	月額10,000円上限	—	市立小中学校等在籍で、生活保護費または就学援助費を受給していること。週1回以上通所	滋賀県内の他市と異なり受給世帯に限定
滋賀県	野洲市	月額10,000円を限度	—	申請前1年以内に概ね30日以上不登校、週1回以上利用、在籍校の出席扱いを受けていること、市税滞納なし	—
滋賀県	高島市	公式ページ本文に金額の記載なし	—	フリースクール等民間施設を利用する子どもの保護者	制度の存在は公式に確認できたが金額は本文から確認できず
京都府	亀岡市	月額10,000円	—	学校長が教育委員会と連携し指導要録上出席扱いとしたフリースクールを利用。他の補助非受給、市税滞納なし	京都府内で保護者向け利用料補助を公式に確認できたのは亀岡市のみ
大阪府	富田林市	利用料の一部（公式ページに具体額の記載なし）	—	出席認定対象のフリースクールに通う就学援助認定者に限定	独立した補助金ではなく就学援助制度の枠内で実施されている
兵庫県	神戸市	通所型月額20,000円／オンライン型月額15,000円	—	神戸市立小中学校・義務教育学校・特別支援学校に在籍。市が認定した施設を利用し出席扱い認定を受けていること	オンライン型を明示的に助成対象としている数少ない例
兵庫県	姫路市	月額10,000円を上限	—	市教育委員会のガイドラインに基づき認定されたフリースクール等を利用する小中学生	—
兵庫県	尼崎市	月額10,000円を上限	—	市内居住の不登校児童生徒。市教育委員会が認定したフリースクール等を利用	他の同種補助金との併給不可
兵庫県	明石市	月額10,000円上限（利用料の1/2）	—	市内在住または市立小中特別支援学校に学籍を有し、過去1年間に概ね30日以上欠席した児童生徒	—
兵庫県	加古川市	補助対象経費の1/2と10,000円のいずれか低い額	—	市内在住、県内市町組合立学校に在籍する不登校児童生徒、指導要録上の出席扱い認定を受けていること	—
兵庫県	三田市	月額10,000円を上限	—	市内に住所・市立小中学校在籍、前1年以内に概ね30日以上欠席、校長判断で出席扱い	—
兵庫県	加東市	月額10,000円上限（対象経費20,000円を限度としその1/2）	—	教育委員会ガイドラインに基づき出席扱い認定を受けた施設を利用。前1年間に概ね30日以上不登校、月4回以上利用、市税滞納なし	—
兵庫県	豊岡市	月額10,000円を限度	—	市立小中・義務教育学校在籍、市内に住所、前1年間に30日以上欠席、月1回以上通所、学校長が出席扱いと判断	—
奈良県	広陵町	月額20,000円上限	—	町立小中学校在籍または町内住民登録の町外小中学校在籍の不登校児童生徒。7要件を満たすフリースクール等を利用	奈良県内で保護者向け利用料助成を公式に確認できたのは広陵町のみ
鳥取県	鳥取市	授業料月額20,000円または授業料月額の2/3のいずれか低い額／交通費・実習費等小学生月3,000円・中学生月6,000円	—	市内に住所を有する児童生徒・保護者。鳥取県教育委員会が認定するガイドライン準拠施設に通所	授業料と交通費・実習費を別枠で助成する鳥取県内共通の設計
鳥取県	米子市	授業料月額20,000円または授業料月額の2/3のいずれか低い額／交通費・実習費等小学生月3,000円・中学生月6,000円	—	市内に住所を有し、県教委ガイドライン準拠施設・市教育支援センターに通所する児童生徒の保護者	—
鳥取県	倉吉市	通所費月額20,000円上限／交通費・実習費小学生月3,000円・中学生月6,000円	—	児童生徒・親権者が市内に住所を有し、県教委が認定した「ガイドライン準拠施設」に通所	1年分をまとめて2月末日までに申請
鳥取県	境港市	授業料月額20,000円または授業料の2/3のいずれか低い額／交通費・実習費小学生月3,000円・中学生月6,000円	—	児童生徒・親権者が市内に住所を有し対象施設に通所。市税滞納なし・他制度の補助を受けていないこと	—
岡山県	岡山市	月額10,000円上限（対象経費の1/2以内）	—	市内に住所を有する児童生徒の保護者等で、過去1年間に合計30日以上欠席し、市教委に登録された民間施設を学校の授業時間内に利用	電子申請。年3期に分けて受付
岡山県	美作市	学期ごとに10,000円上限（授業料等の1/2以内）	—	市内に住所があり、申請日前1年以内に概ね30日以上登校しておらず、原則週1回以上ガイドライン認定施設に通所	月額ではなく学期ごとの上限
山口県	宇部市	月額20,000円上限（授業料の1/2）	—	申請日前1年以内に概ね30日以上登校していない児童生徒で、市認定施設に原則週1回以上通所し市内に居住	令和4年度開始。四半期ごとに精算
愛媛県	松山市	月額10,000円上限（対象経費の1/2）	—	市内に住所を有し、市内公立小中学校に在籍する不登校児童生徒（年間30日以上欠席等）の保護者	令和8年度から実施。「月1万円」と紹介されがちだが正確には対象経費の1/2で上限が月10,000円
愛媛県	今治市	1か月の通所費（上限10,000円）の1/3	—	市が選定したフリースクールを利用する市内小中学生の不登校児童生徒の保護者	令和7年度開始。事前申請が必要で遡っての交付は不可
福岡県	久留米市	入学金・利用料・教材費等のうち保護者負担額または30,000円のいずれか低い額（同一施設への補助は1回のみ）	—	市内に住所を有し、申請日前1年で概ね30日以上在籍校に登校していない小中学生。在籍学校長が出席扱いする予定のある民間施設	毎月の利用料を継続的に補助する制度ではなく、利用開始時の初期費用への一回限りの補助
福岡県	大野城市	月額10,000円上限（授業料・体験活動費等の1/2）	—	市内在住で市立小中学校に在籍。過去1年以内に概ね30日以上登校しておらず、学校長が出席認定する施設に通っていること	令和6年度開始。昼食代等は対象外
福岡県	古賀市	月額5,000円上限	—	市内に住所を有する不登校児童生徒の保護者。市教委がフリースクールと認めた施設に週1回以上通所、市税滞納なし	—
福岡県	苅田町	月額5,000円上限（8月分は対象外）	—	町内に住所を有し、申請日前1年で概ね30日以上在籍校に登校していない児童生徒の保護者	令和8年度開始
大分県	別府市	月額30,000円上限	利用料の3/4（生活保護・就学援助受給者は10/10）	フリースクール等に通う、学校に行きづらさを感じる児童生徒の保護者。在籍校と施設の情報共有への同意等が条件	入学料・施設整備費は対象外。九州で最も手厚い部類
大分県	日田市	生活保護・就学援助世帯月額30,000円上限（10/10）／その他世帯月額15,000円上限（1/2）	—	市内小中学校に在籍し市内に住所を有する登校困難な状態の児童生徒の保護者。市教委が認定したフリースクールに原則週1回以上通所予定	入会金・交通費・教材費・実習費等は対象外

自宅で自分のペースで学ぶ子どもの様子。学びの場の選択肢は、費用の面からも広がりつつある

制度に共通してよく出てくる5つの条件

78自治体を並べてみると、条件のパターンはかなり似ています。あらかじめここを押さえておくと、申請がスムーズになります。

補助を受けるためによく設定されている条件
条件	よくある書き方	事前にやっておくこと
①在籍校の出席扱い認定	「在籍校長が指導要録上出席扱いと認めていること」	まず学校に出席扱いを相談する。これが最初の一歩になる自治体が多い
②欠席日数	「申請日前1年以内に概ね30日以上登校していないこと」（塩尻市は15日以上、大津市は直近1か月で7日以上と幅がある）	在籍校に欠席日数を確認しておく
③施設の認定・登録	「市（県）が認定したフリースクール」「信州型フリースクール認証施設」	施設を決める前に、その施設が自治体の認定を受けているか確認する
④通所の頻度	「原則週1回以上通所」（加東市は月4回以上、諏訪市は月1回以上）	契約前に、週何回通うかを決めておく
⑤所得・税の状況	「生活保護／就学援助を受給していること」「市税を滞納していないこと」	就学援助の申請を先に済ませる。市税の納付状況を確認する

「対象外」になりやすい費目

補助されるのは利用料（授業料・月謝）が中心です。次の費目は多くの自治体で対象外とされています。

入会金・入学金（東京都、大府市、日田市、別府市などで明示的に対象外）
施設維持費・施設整備費（東京都、豊田市、別府市など）
教材費（東京都、大府市、日田市、須坂市など。ただし豊田市は対象に含む）
交通費（多くの自治体で対象外。逆に、みよし市・前橋市・沖縄県・熊本県・仙台市は交通費のほうが補助対象）
食費・昼食代（豊田市、大野城市など。ただし上越市は食費も対象）

「利用料が月30,000円だから月20,000円もらえる」と単純計算せず、内訳のうちどこが対象なのかを施設と自治体の両方に確認してください。

申請の流れ｜共通する5ステップ

補助金を受け取るまで（図解）

STEP 1

自治体に制度の有無を確認する

市区町村の教育委員会（学校教育課・指導課・教育支援センター）へ電話。「フリースクールの利用料補助はありますか」と聞くのがいちばん早いです。

STEP 2

対象施設かどうかを確認する

「市が認定した施設」「県の認証施設」が条件のことが多いので、施設を決める前に確認します。施設側に「自治体の補助対象になっていますか」と聞いてもよいでしょう。

STEP 3

在籍校に出席扱いを相談する

多くの制度が出席扱い認定を条件にしています。担任・学年主任、そして校長へ。ここが最も時間がかかる部分です。

STEP 4

利用開始前（または開始月中）に申請する

さかのぼって認められない自治体が多くあります。今治市は「遡っての交付は不可」と明記しています。

STEP 5

実績報告を出す（学期ごと・四半期ごと）

領収書、利用状況報告書（施設が記入）などを定期的に提出します。領収書は必ず保管してください。

申請の形は「①受給資格の認定申請 → ②交付申請 → ③実績報告 → ④交付請求」と4段階に分かれている自治体が多いです。書類が多く感じられますが、施設側が慣れていることも多いので、施設のスタッフに「この自治体の補助を使った方はいますか」と聞いてみると近道になります。

ネット上の情報でよくある間違い（公式と食い違うもの）

今回、すべて自治体の公式ページを開いて確認したところ、まとめサイトで広く紹介されている数字のうち、公式と食い違うものがいくつか見つかりました。実際に申請する前に確認してください。

公式ページの記載と食い違いがよく見られる点
よく見かける説明	公式ページの記載
名古屋市は「月額30,000円」ではありません	公式記載は就学援助認定者月額22,000円（補助率1/2）／それ以外月額11,000円（補助率1/4）です。まとめサイトに30,000円という数字が出回っていますが、市の公式ページの記載と異なります。
大阪市の「習い事・塾代助成」はフリースクール補助ではありません	対象は学習塾・家庭教師・文化スポーツ教室などで、公式ページにフリースクールの明記がありません。フリースクールが登録事業者に含まれるかは市への確認が必要です。
「施設向けの補助」と「保護者向けの補助」は別物です	静岡県・福岡県・滋賀県・札幌市・泉佐野市などで確認できたのは、フリースクールを運営する団体への補助金です。保護者が申請して利用料が安くなる制度ではありません。
仙台市にフリースクール利用料の助成制度はありません	市の公式回答ページに「フリースクール専用の助成金制度は導入していない」と明記されています。あるのは学校外施設への通所に係る交通費助成です。
北広島市は交通費補助ではなく利用料助成です	月額最大20,000円の利用料助成です。まとめサイトに交通費補助と書かれていることがありますが、公式ページの記載は利用料への助成です。

このほか、市原市・播磨町・三木市・高島市は制度の存在は公式に確認できたものの、金額が公式ページの本文からは読み取れませんでした。阿南市・鳴門市は第三者サイトに記載がありますが、公式ページで裏が取れなかったため、この記事には金額を載せていません。いずれも自治体への直接確認をおすすめします。

お住まいの自治体に制度がないとき、できること

今回の調査では、政令指定都市の多くでフリースクール利用料の補助が確認できませんでした（横浜市・川崎市・さいたま市・静岡市・浜松市・新潟市・京都市・堺市・広島市・北九州市・福岡市・熊本市など）。人口が多い都市ほど制度がある、というわけではありません。

制度が見つからない場合でも、次の選択肢があります。

補助制度がない場合の選択肢
選択肢	内容
就学援助を申請する	フリースクール利用料そのものは対象外でも、学用品費・給食費・修学旅行費などが支援されます。家計全体の負担が下がります。申請は在籍校または教育委員会へ。
教育支援センター（適応指導教室）を使う	自治体が設置する公的な施設で、基本的に無料です。指導要録上の出席扱いになりやすいのも特徴。まず見学だけでもしてみる価値があります。
料金の低いフリースクールを探す	オンライン型は通所型より費用を抑えやすい傾向があります。神戸市のようにオンライン型を助成対象にしている自治体もあります。
施設に相談する	減免制度や兄弟割引、分割払いに応じている施設もあります。「費用が理由であきらめる前に一度相談する」のは、決して恥ずかしいことではありません。
自治体に要望を伝える	制度は各地で新設が続いています。教育委員会や議会への声が制度化のきっかけになった自治体もあります。

補助金と「出席扱い」はセットで考える

ここまで繰り返し出てきたとおり、多くの自治体が「在籍校が指導要録上の出席扱いと認めていること」を補助の条件にしています。つまり、補助金の話は出席扱いの話とセットです。

出席扱いの根拠は文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」（令和元年10月25日）で、判断するのは在籍校の校長です。要件と申請の流れはこちらの記事に、一次資料にあたって整理しています。

順番としては、①出席扱いの相談 → ②補助金の申請がスムーズです。学校との話が進んでいれば、自治体の窓口でも話が早く通ります。

動画で見る｜費用の前に知っておきたいこと

タツロー校長（NIJINアカデミー）の解説

お金の話の前に、子どもに何が起きているのかを整理しておくと、選ぶ基準がはっきりします。

▶子どもが学校に行けなくなるまでの本当の理由｜「急に行きたくなくなる」のではありません ▶不登校オルタナティブスクールを卒業する小学生・中学生の未来への希望 ▶【完璧主義】真面目な子ほど不登校になりやすい？性格ではなく環境が原因のワケ ▶【不登校】になりやすい親の特徴

実際に学校の外で学んでいる子どもたち

ここまでは制度の話でした。ただ、保護者の方がいちばん知りたいのは「実際にその子はどうなったのか」だと思います。NIJINアカデミーに通う子どもたちと保護者の話を、そのまま記事にしています。

実際に通っている子どもたち・保護者の話

小1で不登校になった｜あらたくん親子で乗り越えた日々。低学年の不登校を、保護者の言葉でたどった記録中学生が変わった理由｜くろねさんオルタナティブスクールに移ってから、何がどう変わったのか音に敏感な子の選択肢｜ゆずさん感覚過敏で教室にいられなかった子が見つけた学び方ギフテッドで不登校｜けんくん「天才は学校が合わない？」親と本人が語った経験小4の保護者が語る葛藤｜親の声「どう関わればいいのか」に迷った日々と、そこで下した決断笑顔を取り戻した理由｜そらちーくん不登校だった子が、もう一度人とつながるまで

▶ 子どもたちの声（NIJINアカデミー公式） ▶ 保護者の声（NIJINアカデミー公式） ▶ ニジアカ生の1日（時間割と過ごし方） ▶ 高校生のリアルストーリー（ニジ高）

不登校・発達障害のある子が全国から通っています

費用と出席扱いの両方が気になっている方へ

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国の制度（フリースクール利用料の直接補助はありません）

国がフリースクールの利用料を直接補助する制度は、2026年8月時点で存在しません。ただし、家計の負担を下げる制度や、自治体の補助の受給要件として使われる制度があります。

不登校の家庭が使える可能性のある国の制度
制度	実施主体	内容
就学援助制度	市区町村	対象は「要保護者」（生活保護法第6条第2項に規定）と「準要保護者」（市町村教育委員会が要保護に準ずる程度に困窮していると認める者）。支給費目は学用品費、新入学児童生徒学用品費等、通学用品費、通学費、修学旅行費、校外活動費、医療費、学校給食費、オンライン学習通信費など。多くの自治体のフリースクール補助が「就学援助認定」を受給要件にしているため、まずここを確認する意味が大きい
高校生等奨学給付金	文部科学省（申請窓口は都道府県）	低所得世帯の高校生等が授業料以外の教育費に充てられるよう支援する制度。生活保護受給世帯は国公立年額32,300円／私立年額52,600円。非課税世帯（全日制等）は国公立年額143,700円／私立年額152,000円。非課税世帯（通信制）は国公立年額50,500円／私立年額52,100円
高等学校等就学支援金制度	文部科学省	国公私立を問わず高等学校等に在学する者が対象で、授業料が支給限度額に達しない場合は授業料を限度に支給される
児童扶養手当	こども家庭庁（実施主体：都道府県・市・福祉事務所設置町村）	ひとり親家庭等の生活の安定と自立促進のために支給。対象児童は18歳に達する日以後の最初の3月31日までの間にある児童（障害児の場合は20歳未満）。この受給が、自治体のフリースクール補助の所得要件を満たす条件として使われることがある
特別児童扶養手当	厚生労働省	精神または身体に障害のある児童を養育する者に支給される手当。月額は1級58,450円／2級38,930円。所得制限あり
不登校児童生徒等に対する支援推進事業	文部科学省	校内教育支援センター（スペシャルサポートルーム）の設置促進、教育支援センターの地域拠点化、ICT環境整備などの施策。保護者への直接給付ではないが、自治体が支援体制を整える裏づけになっている
COCOLOプラン（誰一人取り残されない学びの保障に向けた不登校対策）	文部科学省	令和5年3月31日策定。不登校の子の学びを保障するための国の方針。自治体が補助制度を新設する背景にある
こどもの居場所づくり支援体制強化事業	こども家庭庁	各自治体における「こどもの居場所づくり」の支援体制強化を図る事業。令和5年12月閣議決定「こどもの居場所づくりに関する指針」に基づく

よくある質問

フリースクールの月謝はいくらくらいですか？

施設によって幅が大きく、月額1万円台から5万円を超えるところまであります。入会金が別途3万〜5万円かかる施設も多いので、月謝だけで比較しないようにしてください。オンライン型は通所型より抑えられる傾向があります。費用の内訳はフリースクールの費用を解説した記事にまとめています。

都道府県と市区町村の補助は両方もらえますか？

自治体によります。山梨県・甲府市のように「県15,000円＋市15,000円＝月30,000円」と明示的に併用できる例もあれば、「他の自治体・団体から同種の補助を受けていないこと」を条件にしている自治体（尼崎市、古賀市、豊田市など）もあります。東京都の区の上乗せは「都の助成金を差し引いた額」という設計です。必ず自治体に確認してください。