みなさま、こんにちは。
小学1年生から通えるオンラインフリースクール、NIJINアカデミー(ニジンアカデミー)経理担当スタッフのスターシアです。
今回は、フリースクール補助金・助成金について説明いたします。
フリースクール対象の補助金や助成金とは?

NIJINアカデミーでは、できるだけ保護者様の負担を最小限にするために、他のフリースクールに比較して学費を低価格に抑える努力をしております。
しかし、学費の負担が大きいという悩みを抱える保護者も多いのではないでしょうか。
実は、自治体によってはフリースクールへの学費補助制度を設けているところもあります!
NIJINアカデミーで使えるフリースクール補助金・助成金

現在、NIJINアカデミーでお使い頂けるフリースクール補助金・助成金をご紹介いたします。(2025年2月現在)
①大阪市習い事・塾代助成事業
大阪市習い事・塾代助成事業
https://www.juku-osaka.com/
↓
大阪市内在住の小学5年生~中学3年生を対象として学習塾や家庭教師、文化・スポーツ教室等の学校外教育にかかる費用を月額1万円を上限に助成する事業です。
NIJINアカデミーでもお使いいただけます。
②草津市フリースクール利用児童生徒支援補助金
草津市フリースクール利用児童生徒支援補助金
https://www.city.kusatsu.shiga.jp/kosodate/teatejosei/freeschool900.html
↓
滋賀県草津市の児童生徒対象で月ごとの授業料の上限4万円を限度額とし、以下の割合で補助が出ます。
今年度からNIJINアカデミーも草津市の認定施設に登録されました。
・生活保護受給者 10分の10
・就学援助の受給者 4分の3
・上記以外の人 2分の1
③富山県フリースクール等通所児童生徒支援事業
富山県フリースクール等通所児童生徒支援事業
https://www.pref.toyama.jp/3002/fstuusyojidouseitosienjigyou.html
↓
富山県内の児童生徒が対象で1か月15,000円を上限に、2分の1以内を補助するものです。
富山県内在住のNIJINアカデミー生が利用しています。
④東京都フリースクール等利用者支援事業助成金
東京都フリースクール等利用者支援事業助成金
https://tokyo-fs-support.metro.tokyo.lg.jp/
↓
小・中学生1人につき 月額最大2万円
※利用料が月2万円を下回っている場合は、利用料と同額となります。
こちらの条件が、「不登校支援を主たる目的としている通所型施設」となっているため、メタバース通学プランは対象外です。
リアル教室に通学中で、東京都への申請が受理された場合、助成金の対象となります。
NIJINアカデミー 経理担当 スターシア
NIJINアカデミーとは?

NHKおはよう日本にも出演したNIJINアカデミーは小学1年生から中学3年生まで通えるオルタナティブスクール!
【こんなお子さんにおすすめ!】
- 学校の規則に縛られず、自由に可能性を伸ばしたい。
- 学校がつまらない
- 学校は自分に合わない、自分が出せずに苦しいと思っている
- 学校に行きたくないけど、他の選択肢がわからない
ニジンアカデミーは、トップ講師による対話的で面白い授業が人気。
子どもたちからも「学校の授業はつまらなかったけど、ニジアカの授業は楽しい!」という声が多数寄せられています。
👉ギフテッドで不登校になったけんくんのインタビュー記事はこちら
インターネット上にあるオンラインスクールなので、自宅からアクセスできます!
これまでに約400名の小中学生が入学し、学校満足度は91.4%、担任クラス満足度は96%と高い評価を得ています。
また、98%の生徒が学校の出席として認定され、復学を目的としないスクールでありながら、100名以上が自信を取り戻し復学しています。
専門サポートプランでは、不安感や不信感の強いお子さんも、スタッフとの1対1サポートを通じて、全員が以前より前向きになり、自分を表現できるようになった実績があります。
マイクラや将棋サークルなどの部活もあり、共通の趣味を持つ友達を作ることができます。
現在は、地域で通えるリアル教室とオンラインでのプロ教師からの学びを掛け合わせたハイブリッド教室も続々開校中!
平日毎日、無料の体験会を開催しているので、興味のある方はぜひ参加してみてください!

体験説明会から3日以内の入会で無料授業特典付き!
満席日も多数。お早めのご予約がおすすめです。
▼NIJINアカデミーについて詳しく知りたい方はこちら▼

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フリースクールの費用を支える制度は、大きく3種類
「補助金」とひとことで言っても、仕組みが違うものが混在しています。まず全体像を押さえると、自分が使えるものが見つけやすくなります。
| 種類 | 内容 | どこに聞くか |
|---|---|---|
| 自治体の利用料助成 | フリースクール等の月額利用料の一部を補助。都道府県・市区町村が独自に実施。東京都は月額最大2万円など、地域差が大きい | お住まいの自治体(教育委員会) |
| 就学援助 | 経済的に就学が困難な家庭に、学用品費・給食費などを援助する国と自治体の制度。フリースクール費用そのものは対象外のことが多いが、家計全体の負担が下がる | 在籍する学校・教育委員会 |
| 出席扱いの認定 | 金銭の補助ではないが、在籍校の出席として認められることで、進級・進学の不安が減る。要件を満たせば校長の判断で認定される | 在籍校(担任・校長) |
※ 制度の有無・名称・金額・条件は自治体ごとに大きく異なり、年度で変わります。必ずお住まいの自治体の公式情報でご確認ください。
調べ方の手順
- 「お住まいの市区町村名+フリースクール+助成」で検索する。自治体の公式サイトが出てくれば、そこが一次情報です
- 見つからなければ、都道府県で調べる。市区町村になくても、都道府県の事業がある場合があります
- それでも不明なら、教育委員会に電話で聞く。「不登校の子のフリースクール利用に使える助成はありますか」と尋ねればOKです
- 利用したい施設にも聞く。その地域の制度に詳しく、申請の実績を持っていることが多いです
申請でつまずきやすいポイント
- 対象になる施設の要件がある。「週1日以上の開所」「不登校支援を主目的とする」など、施設側の条件が定められていることがあります
- 対象外の費用がある。入会金・教材費・施設維持費は対象外というケースが多く、月額の利用料のみが対象になりがちです
- 後払い(実績報告後の支給)が一般的。先に支払い、あとから助成される形が多いため、当面の資金は必要です
- 申請期間が決まっている。年度途中で締め切られることがあるため、早めの確認を
- 在籍校との連携が前提の場合がある。特に出席扱いは、学校との事前相談が欠かせません
オンラインのフリースクールは対象になる?
ここは自治体によって判断が分かれます。「通所型のみ」を対象とする制度では、オンライン単独の利用は対象外となることがあります。一方で、自宅でのICTを活用した学習は、要件を満たせば出席扱いとして認められる可能性があります(金銭の補助とは別の制度です)。
オンラインを検討している場合は、次の2点を分けて確認するのが確実です。
- 費用の助成があるか → お住まいの自治体(教育委員会)へ
- 出席扱いにできるか → 在籍校(担任・校長)へ
費用と選び方をもっと詳しく
つらい気持ちを今すぐ話したいとき(全国共通・24時間)
24時間子供SOSダイヤル 0120-0-78310
お子さんからでも、保護者の方からでも相談できます。お住まいの地域の教育相談センターにつながります。
動画で見る|【NIJINアカデミー】活気あふれる全校HR|不登校オルタナティブスクール・オンラインスクール
家庭でいまできること
制度や相談先が分かっても、明日からどう過ごすかは別の話です。うまくいかない日があって当たり前という前提で、いま無理なくできそうなものだけを選んでください。全部やろうとしないことが、いちばん大事なコツです。
いま家庭で確かめておきたいこと
睡眠のリズムが崩れていないか(起きる時間より、寝る時間を先に整えるほうがうまくいきます)
食事が極端に減っていないか。体重の変化はないか
頭痛・腹痛・立ちくらみなど、体の訴えが続いていないか(続く場合は受診を検討してください)
「学校の話」以外で笑える時間が、1日に少しでもあるか
保護者自身が眠れているか。抱え込んでいないか
学校との連絡窓口が、担任1人に集中していないか
声のかけ方で迷ったときは
「なんで行けないの」と理由を問うと、子ども自身も説明できないことが多く、答えられない自分を責めてしまいます。理由を聞くより、いまの状態を言葉にして返すほうが伝わります。「しんどそうだね」「今日はゆっくりでいいよ」——それだけで十分な日があります。
逆に、避けたほうがよい言葉もあります。「みんな行ってるよ」「そんなことでどうするの」「甘えてるだけでしょ」。どれも本人がすでに自分に言っている言葉なので、外から重ねると逃げ場がなくなります。
相談先の選び方|どこに何を聞けるか
相談先はひとつではありません。それぞれ役割が違うので、聞きたい内容で選ぶと早く進みます。
| 相談先 | 聞けること | 費用 | 向いている場面 |
|---|---|---|---|
| 在籍校(担任・スクールカウンセラー) | 出席の扱い、校内の別室、学習の進め方 | 無料 | まず学校での配慮を相談したいとき |
| 教育支援センター(市区町村) | 学校外の公的な居場所、通所と出席扱い | 原則無料 | 学校の外に一歩を踏み出したいとき |
| フリースクール(民間) | 体験活動中心の居場所、少人数の学び | 月1〜5万円程度 | 興味や「やってみたい」から入りたいとき |
| オンライン | 自宅から参加できる学び、出席扱いの実務 | スクールにより異なる | 外に出るのが難しい/近くに選択肢がないとき |
| 医療機関(小児科・児童精神科) | 体の不調の背景、診断と治療 | 保険診療 | 睡眠・食事・体の症状が続くとき |
| 24時間子供SOSダイヤル | 子ども本人・保護者どちらの相談も | 無料・24時間 | いますぐ誰かに聞いてほしいとき(0120-0-78310) |
どこから始めればいいか迷ったら
学校に伝えるときの文例
言いたいことは決まっていても、いざ書こうとすると手が止まる——という声をよく聞きます。そのまま使える形にしました。丁寧すぎる必要はありません。事実と、してほしいことが伝われば十分です。
① しばらく休むことを伝える
本人の体調と気持ちの状態から、しばらく学校をお休みさせていただきます。
毎朝のご連絡が負担になっているため、こちらから連絡がない日は欠席としてお取り扱いいただけますでしょうか。状況が変わりましたら、その都度ご連絡いたします。
毎朝の欠席連絡は、家庭にとっても学校にとっても負担です。先にこの一文で合意しておくと、朝の消耗がなくなります。多くの学校が対応してくれます。
② 配慮をお願いする
つきましては、登校できた日は保健室や別室で過ごさせていただくことは可能でしょうか。
また、給食の時間だけ別室にする、掃除の時間は無理をさせない、といった形でもかまいません。
本人が続けられる形を一緒に考えていただけると助かります。
「配慮してください」だけでは学校も動きにくいので、場面と具体的な対処をセットで書くのがコツです。診断名は必須ではありません。
③ 出席扱いについて相談する
文部科学省の「不登校児童生徒への支援の在り方について(通知)」(令和元年10月25日)に、学校外の施設で相談・指導を受けた場合や、自宅でICT等を活用した学習を行った場合の指導要録上の出席扱いについて定めがあると伺いました。
本校ではどのような運用になっていますでしょうか。また、要件を満たすために家庭で用意すべきものがあれば教えてください。
ポイントは「認めてください」ではなく「何を用意すればよいですか」と聞くことです。学校側も判断材料を求めています。要件の全文は教育支援センターとはの記事に原文どおり掲載しています。
④ 面談のあとに送る確認メール
確認させていただいた内容を念のためお送りします。
・当面は◯◯(別室/午後のみ など)で対応いただく
・◯◯(教育支援センター等)への通所を検討し、決まり次第ご連絡する
・出席の取り扱いについては、◯月◯日までにご回答いただく
認識に相違がありましたらお知らせください。
口頭の合意は、担任が変わると消えてしまいます。短くていいので記録に残しておくと、翌年度も引き継がれます。学校側にとっても助かる手順です。
伝える相手の順番
まぎらわしい用語の整理
不登校について調べていると、似た名前の制度がいくつも出てきて混乱しがちです。いちばん多い誤解は「教育支援センター」と「学びの多様化学校」を同じものだと思ってしまうことです。前者は在籍校に籍を置いたまま通う「施設」、後者は転校して在籍する「学校」で、まったく別物です。
| 用語 | 正体 | 在籍 | 費用 | 出席の扱い |
|---|---|---|---|---|
| 教育支援センター (=適応指導教室) | 市区町村の教育委員会が運営する施設 | 在籍校のまま | 原則無料 | 要件を満たせば出席扱い |
| 校内教育支援センター (=校内の別室) | 在籍校の中に置かれた部屋 | 在籍校のまま | 無料 | 出席として扱われる |
| 学びの多様化学校 (旧・不登校特例校) | 特別の教育課程を組める正式な学校(全国84校) | その学校に転校 | 公立は無償/私立は学費 | 通常の出席 |
| フリースクール | NPOや民間企業が運営する民間施設 | 在籍校のまま | 月1〜5万円程度 | 要件を満たせば出席扱い |
| オンラインスクール | 自宅から参加する民間のスクール | 在籍校のまま | スクールにより異なる | 自宅ICT学習の要件を満たせば可 |
| 通信制高校・サポート校 | 高校段階の学校と、その学習を支える施設 | その高校に在籍 | 学校により異なる | 高校の在籍として扱われる |
この表でとくに見ておきたいのは「在籍」の列です。転校が必要かどうかで、手続きも心の準備もまったく変わります。教育支援センターやフリースクールは在籍校に籍を残したまま通えるので、「合わなければ戻る」ことができます。
名前が違っても中身は同じことがあります
この記事のテーマについて、よく寄せられる質問
同じような状況の方から実際によく届く質問をまとめました。あてはまるものから読んでください。
Q. 欠席が多いと高校に行けませんか?
A. 行けます。出席日数を選抜に使わない高校は増えており、通信制高校では欠席日数を問わないところがほとんどです。中学校卒業程度認定試験や高等学校卒業程度認定試験という道もあります。
Q. フリースクールに通うと出席扱いになりますか?
A. 要件を満たせば校長の判断で出席扱いにできます。ただし文部科学省の通知では教育支援センター等の公的機関が第一に想定されており、民間施設は「公的機関に通えない場合」に考慮される位置づけです。詳しくは教育支援センターとはをご覧ください。
Q. 費用が心配です
A. 教育支援センターは原則無料です。民間のフリースクールについては、利用料の補助制度を設けている自治体が増えています。就学援助もあわせて教育委員会に確認してください。
Q. 学校に戻ることを目標にしなくていいのですか?
A. はい。文部科学省の通知が「『学校に登校する』という結果のみを目標にするのではなく、社会的に自立することを目指す」と明記しています。学校復帰は選択肢のひとつであって、唯一のゴールではありません。
Q. 近くに通える場所がありません
A. ①校内の別室、②教育支援センターの訪問型支援、③自宅でのICT学習を出席扱いにする道(別記2)、④オンライン——の順で確認するのが現実的です。地域に選択肢がないことは、家庭の責任ではありません。
つらいときの相談先(24時間・無料)
- 24時間子供SOSダイヤル:0120-0-78310(全国どこからでも、24時間・無料。子ども本人も保護者も利用できます)
- お住まいの市区町村の教育委員会 教育相談室/教育センター
この記事は情報提供であり、医療的・心理的な診断や個別の助言に代わるものではありません。心身の不調が続く場合は、かかりつけ医やスクールカウンセラーにご相談ください。
参考にした公的資料
- 東京都フリースクール等支援事業(公式)——利用料助成の一例(月額最大2万円/確認日2026-08-21)
- 文部科学省「就学援助制度について」
- 文部科学省「不登校への対応について」——出席扱いの考え方
制度の内容・金額・条件は年度や自治体により変わります。申請前に必ず公式情報をご確認ください。本記事は情報提供であり、個別の可否を保証するものではありません。(にじいろの編集方針・監修について)
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