【2026年版】東京のフリースクール・オルタナティブスクール一覧｜費用・おすすめ・小学生・中学生・出席扱いを比較

2026年6月24日2026年9月10日

東京の住宅街にある、自然光が差し込むフリースクールの居場所で自分のペースで過ごす子どもたちのイメージ

5自治体56施設＋補助制度86件を収録

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フリースクールの費用の相場・出席扱いの仕組み・選び方の基本は、フリースクールとは？費用・種類・出席扱いと全国の探し方にまとめています。地域の一覧とあわせてご覧ください。

東京23区・多摩地域の公的な支援（教育支援センター／適応指導教室）を48区市町村分まとめた一覧は、東京都の教育支援センター（適応指導教室）一覧｜窓口・費用・出席扱いにまとめています（利用料は原則無料・出席扱いの条件つき）。

結論（早見）

東京には、通所型の民間フリースクールからオンライン×リアルのハイブリッド校まで、全国でも群を抜いて多くの居場所があります。23区・多摩それぞれに特色ある31校を集めました。大切なのは「今の状態で無理なく通える形」を選ぶこと。まずは下の比較表で費用・対象・特徴を見比べ、気になる2〜3校を見学してみてください。在籍校での出席扱いになるか、東京都・区の助成金が使えるかも必ず確認しましょう。

東京のフリースクール・オルタナティブスクール比較一覧表

施設名	エリア	対象	特徴	費用の目安
1. フリースクール東京シューレ	北区	小・中・高	1985年設立の草分け的フリースクール。子ども自身が活動やルールを決める自治	入会金153,000円／月52,800円
2. NIJINアカデミー自由が丘校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	目黒区	小・中	目黒区・世田谷区・大田区から通える中心的な教室。料理・食育を大切にし、給食の	メタバース月25,443円〜
3. 東京コミュニティスクール（TCS）	中野区	小	少人数・異年齢による全日制マイクロスクール。テーマ探究と個別最適な学びを行う	入会金220,000円／年990,000円
4. 花まるエレメンタリー／ミドルスクール	武蔵野市	小・中	花まる学習会が開校。子どもの主体性を軸に探究・体験・基礎学習を組み合わせる。	月88,000円（教材費込）
5. フリースペースコスモ	三鷹市	中・高	認定NPO文化学習協同ネットワーク運営。表現・創作と仲間との関わりで育ちを支	月52,000円（体験3回無料）
6. NIJINアカデミー江東大島校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	江東区	小・中	マインクラフトを取り入れて学べるプログラミングに強い教室。墨田区・江戸川区か	メタバース月25,443円〜
7. フリースクールわくにこ	葛飾区	小・中	地域密着型。一人ひとりのペースに合わせた学習支援と居場所づくり、助成申請サポ	要問い合わせ（都・区助成月最大3万円対象）
8. 飯田橋ホームスクール・サポートセンター	千代田区	小・中・高	不登校生向けの個別指導でホームスクーリングを支援。個別カリキュラムで自立を支	月26,000円〜（小）／32,000円〜（中）
9. NIJINアカデミー練馬石神井公園校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	練馬区	小・中	元児童館館長が運営する「遊びで学ぶ」を大切にする居場所。石神井公園エリアから	メタバース月25,443円〜
10. 明光フリースクール	新宿区	小・中	明光義塾運営元の寄り添い型。プログラミングやゲーム等で「やればできる」を育む	入会金22,000円／月20,000円〜
11. フリースクールゆうがく	渋谷区	小5〜中3	安心して学べる居場所を掲げ、学習支援・進路指導・カウンセリング・国際交流を提	入会金50,000円／月48,000円
12. 東京サドベリースクール	世田谷区	小・中	時間割・テスト・学年がなく、何をいつ学ぶか子ども自身が決めるサドベリー教育。	要問い合わせ
13. NIJINアカデミー南大沢校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	八王子市	小・中	KIDSプログラミングラボと共創しITスキルを学べる。八王子市・多摩市・町田	メタバース月25,443円〜
14. ヒロック初等部	世田谷区	小	自由進度・探究・マイプロジェクトが軸。少人数で公園を活用した活動やバイリンガ	要問い合わせ
15. 東京モンテッソーリスクール	港区	小・中	国際基準のモンテッソーリ教育。異年齢混合で子どもが自ら選び自発的に学ぶ。	要問い合わせ
16. NIJINアカデミー世田谷下高井戸8D校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	世田谷区	小・中	世田谷区・杉並区・新宿区・調布市から通えるリアル校。安心できる居場所づくりを	メタバース月25,443円〜
17. ジャパンフレネ（フレネ自由教育）	豊島区	小〜高	1999年開校。フレネ自由教育に基づき主体性を重視。不登校・発達特性など多様	要問い合わせ
18. 東京未来大学みらいフリースクール	足立区	小3〜中3	三幸学園運営。自学自習で主体性を育む。登校・発達・学習支援クラスを選べ都助成	入会金50,000円／月24,000円〜
19. NIJINアカデミー二子玉川校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	世田谷区	小・中	最大10時間預かり・放課後も充実の新しいフリースクール。元不登校の先生が運営	メタバース月25,443円〜
20. 飛鳥未来フリースクールお茶の水教室	文京区	小4〜中3	三幸学園グループ。4コース制で在籍校との出席連携実績が高い。	要問い合わせ（都助成金対象）
21. フリースクール英明塾	江戸川区	小・中・高	ノーマライゼーション理念の少人数制。通学日数を自己申告で選べる柔軟な料金体系	入会金20,000円／月10,000円〜
22. 東京賢治シュタイナー学校	立川市	小〜高	シュタイナー教育を実践。芸術・手仕事を軸にした全人教育で12年間クラス替えな	要問い合わせ
23. NIJINアカデミー恵比寿校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	渋谷区	小・中	ミュージカル・演劇など表現活動が特色。渋谷区・港区・目黒区・品川区から通える	メタバース月25,443円〜
24. 星槎フリースクールたちかわ	立川市	小・中	在籍校と連携し登校日数・内容を個別調整。星槎国際高のゼミ授業にも参加でき系列	要問い合わせ
25. 星槎フリースクールはちおうじ	八王子市	小4〜中3	週1日から通学可。高校生がピア・サポーターとして支援し体験学習・課外活動を提	登録45,000円／月8,000円〜
26. NIJINアカデミー池袋校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	豊島区	小・中	不登校を経験した母が開校した料理教室型のフリースクール。「食」から安心と自信	メタバース月25,443円〜
27. NPO法人フリースクール多摩川	府中市	小・中	学ぶ内容と方法を子ども自身が決める運営。平日開所で通学頻度に応じた料金プラン	入会金40,000円／月20,000円〜
28. フリースクール Luana	西東京市	小	イエナプランを参考にした少人数・アットホームな環境。無農薬農園での農業体験も	要問い合わせ
29. サイボウズの楽校	武蔵野市	小2〜6	サイボウズ運営の小学生向けオルタナティブスクール。異年齢・少人数の週4日制。	要問い合わせ
30. NIJINアカデミー町屋南千住校（運営：株式会社NIJIN／当サイトの運営会社）	荒川区	小・中	荒川区・足立区・北区・台東区から通えるリアル校。安心できる居場所から社会へつ	メタバース月25,443円〜
31. 一休寺子屋	日野市	小・中	禅のテキストや坐禅を取り入れ、哲学的な学びと自分づくりを重んじる。	要問い合わせ

東京のフリースクール31校を1校ずつ紹介

東京都内で通えるフリースクールを、通所型の民間校からNIJINアカデミーのハイブリッド校まで分け隔てなく1校ずつ紹介します。23区・多摩をバランスよく、費用・特色・通いやすさを見比べてください。

1. フリースクール東京シューレ（北区）

1985年設立の草分け的フリースクール。子ども自身が活動やルールを決める自治を重んじる。対象：小・中・高。費用：入会金153,000円／月52,800円。公式サイト

2. NIJINアカデミー自由が丘校（目黒区）

目黒区・世田谷区・大田区から通える中心的な教室。料理・食育を大切にし、給食の心配なく安心して過ごせる。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijin.academy.jiyugaoka。詳細は教室ページ。

3. 東京コミュニティスクール（TCS）（中野区）

少人数・異年齢による全日制マイクロスクール。テーマ探究と個別最適な学びを行う。対象：小。費用：入会金220,000円／年990,000円。公式サイト

4. 花まるエレメンタリー／ミドルスクール（武蔵野市）

花まる学習会が開校。子どもの主体性を軸に探究・体験・基礎学習を組み合わせる。対象：小・中。費用：月88,000円（教材費込）。公式サイト

5. フリースペースコスモ（三鷹市）

認定NPO文化学習協同ネットワーク運営。表現・創作と仲間との関わりで育ちを支える。対象：中・高。費用：月52,000円（体験3回無料）。公式サイト

6. NIJINアカデミー江東大島校（江東区）

マインクラフトを取り入れて学べるプログラミングに強い教室。墨田区・江戸川区からも通える。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijin.academy.kotoojima。詳細は教室ページ。

7. フリースクールわくにこ（葛飾区）

地域密着型。一人ひとりのペースに合わせた学習支援と居場所づくり、助成申請サポートも。対象：小・中。費用：要問い合わせ（都・区助成月最大3万円対象）。公式サイト

8. 飯田橋ホームスクール・サポートセンター（千代田区）

不登校生向けの個別指導でホームスクーリングを支援。個別カリキュラムで自立を支える。対象：小・中・高。費用：月26,000円〜（小）／32,000円〜（中）。公式サイト

9. NIJINアカデミー練馬石神井公園校（練馬区）

元児童館館長が運営する「遊びで学ぶ」を大切にする居場所。石神井公園エリアから通える。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijin_academy_shakujiikouen。詳細は教室ページ。

10. 明光フリースクール（新宿区）

明光義塾運営元の寄り添い型。プログラミングやゲーム等で「やればできる」を育む。対象：小・中。費用：入会金22,000円／月20,000円〜。公式サイト

11. フリースクールゆうがく（渋谷区）

安心して学べる居場所を掲げ、学習支援・進路指導・カウンセリング・国際交流を提供。対象：小5〜中3。費用：入会金50,000円／月48,000円。公式サイト

12. 東京サドベリースクール（世田谷区）

時間割・テスト・学年がなく、何をいつ学ぶか子ども自身が決めるサドベリー教育。対象：小・中。費用：要問い合わせ。公式サイト

13. NIJINアカデミー南大沢校（八王子市）

KIDSプログラミングラボと共創しITスキルを学べる。八王子市・多摩市・町田市・相模原市から通える。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijinacademy.minamioosawa。詳細は教室ページ。

14. ヒロック初等部（世田谷区）

自由進度・探究・マイプロジェクトが軸。少人数で公園を活用した活動やバイリンガル環境。対象：小。費用：要問い合わせ。公式サイト

15. 東京モンテッソーリスクール（港区）

国際基準のモンテッソーリ教育。異年齢混合で子どもが自ら選び自発的に学ぶ。対象：小・中。費用：要問い合わせ。公式サイト

16. NIJINアカデミー世田谷下高井戸8D校（世田谷区）

世田谷区・杉並区・新宿区・調布市から通えるリアル校。安心できる居場所づくりを大切にする。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@niji.aca8d。詳細は教室ページ。

17. ジャパンフレネ（フレネ自由教育）（豊島区）

1999年開校。フレネ自由教育に基づき主体性を重視。不登校・発達特性など多様な子を受け入れる。対象：小〜高。費用：要問い合わせ。公式サイト

18. 東京未来大学みらいフリースクール（足立区）

三幸学園運営。自学自習で主体性を育む。登校・発達・学習支援クラスを選べ都助成金対象。対象：小3〜中3。費用：入会金50,000円／月24,000円〜。公式サイト

19. NIJINアカデミー二子玉川校（世田谷区）

最大10時間預かり・放課後も充実の新しいフリースクール。元不登校の先生が運営。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijin_academy。詳細は教室ページ。

20. 飛鳥未来フリースクールお茶の水教室（文京区）

三幸学園グループ。4コース制で在籍校との出席連携実績が高い。対象：小4〜中3。費用：要問い合わせ（都助成金対象）。公式サイト

21. フリースクール英明塾（江戸川区）

ノーマライゼーション理念の少人数制。通学日数を自己申告で選べる柔軟な料金体系。対象：小・中・高。費用：入会金20,000円／月10,000円〜。公式サイト

22. 東京賢治シュタイナー学校（立川市）

シュタイナー教育を実践。芸術・手仕事を軸にした全人教育で12年間クラス替えなし。対象：小〜高。費用：要問い合わせ。公式サイト

23. NIJINアカデミー恵比寿校（渋谷区）

ミュージカル・演劇など表現活動が特色。渋谷区・港区・目黒区・品川区から通える。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijin_academy。詳細は教室ページ。

24. 星槎フリースクールたちかわ（立川市）

在籍校と連携し登校日数・内容を個別調整。星槎国際高のゼミ授業にも参加でき系列高へ進学可。対象：小・中。費用：要問い合わせ。公式サイト

25. 星槎フリースクールはちおうじ（八王子市）

週1日から通学可。高校生がピア・サポーターとして支援し体験学習・課外活動を提供。対象：小4〜中3。費用：登録45,000円／月8,000円〜。公式サイト

26. NIJINアカデミー池袋校（豊島区）

不登校を経験した母が開校した料理教室型のフリースクール。「食」から安心と自信を育む。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijin_academy_ikebukuro。詳細は教室ページ。

27. NPO法人フリースクール多摩川（府中市）

学ぶ内容と方法を子ども自身が決める運営。平日開所で通学頻度に応じた料金プラン。対象：小・中。費用：入会金40,000円／月20,000円〜。公式サイト

28. フリースクール Luana（西東京市）

イエナプランを参考にした少人数・アットホームな環境。無農薬農園での農業体験も。対象：小。費用：要問い合わせ。公式サイト

29. サイボウズの楽校（武蔵野市）

サイボウズ運営の小学生向けオルタナティブスクール。異年齢・少人数の週4日制。対象：小2〜6。費用：要問い合わせ。公式サイト

30. NIJINアカデミー町屋南千住校（荒川区）

荒川区・足立区・北区・台東区から通えるリアル校。安心できる居場所から社会へつながる。週1日はリアル教室・週4日はメタバース校舎に通えるハイブリッド型。費用の目安：メタバース通学月25,443円〜・入学金33,000円（2026年8月時点・公式でご確認ください）。Instagram：@nijinacademy_machiyaminamisenj。詳細は教室ページ。

31. 一休寺子屋（日野市）

禅のテキストや坐禅を取り入れ、哲学的な学びと自分づくりを重んじる。対象：小・中。費用：要問い合わせ。公式サイト

東京で「わが子に合う居場所」を選ぶ3ステップ

① 通える形を決める

毎日通える元気があるか、まだ家から出るのがしんどいか。通所型／オンラインの軸で絞る。

② 出席扱い・費用を確認

在籍校で出席扱いになるか、月謝・入会金はいくらか。都・区の助成金も要確認。

③ まず2〜3校を見学

雰囲気・スタッフ・子どもの表情は現地でしか分からない。気になる数校を見学して決める。

東京のフリースクール費用相場と助成制度

民間フリースクールの費用は月2〜9万円と幅があります（週の通所回数やコースで変わります）。公的な教育支援センター（適応指導教室）は無料。東京都は2024年度から「フリースクール等利用者支援事業」で月最大2万円程度の助成を行っており、葛飾区など独自助成のある区もあります。お住まいの区市の教育委員会に確認してみてください。

東京の公的な相談先（無料で使える窓口）

教育支援センター（適応指導教室）：在籍校に籍を置いたまま通える公的な居場所。出席扱いになることが多い
スクールカウンセラー・スクールソーシャルワーカー：学校を通じて無料で相談できる
東京都・各区市の教育相談センター／子供家庭支援センター：家庭からの相談を受け付ける
学びの多様化学校（不登校特例校）：不登校の子に配慮した公立・私立の学校

動画で雰囲気を見る

リアル教室の様子や、開校した教室長の想いは動画で見るのがいちばん伝わります。

オンラインという選択肢——「家から出られない」時期こそ知ってほしいこと

不登校が続くと、だんだん家から出づらくなり、体験や人とのつながりが減っていきます。だからこそ「まだ外に出るのが難しい」時期にこそ、自宅から学び・仲間とつながれるオンラインの居場所があることを知っておいてほしいのです。その一つが NIJINアカデミー。メタバース×リアルのハイブリッドで、これまでに900名以上が入学し、在籍校への出席認定率は97%です（出典：academy.nijin.co.jp）。大切なのは「オンラインかリアルか」ではなく、お子さんが”今の状態で”無理なく人とつながれる形を選ぶことです。